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Yorodumi- PDB-6s2x: Crystal structure of the Legionella pneumophila ChiA C-terminal domain -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s2x | ||||||
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Title | Crystal structure of the Legionella pneumophila ChiA C-terminal domain | ||||||
Components | ChiA | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / mucinase / peptidase / chitinase / Legionella / type II secretion system | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila 130b (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.71 Å | ||||||
Authors | Garnett, J.A. / Shaw, R. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2020 Title: Structure and functional analysis of the Legionella pneumophila chitinase ChiA reveals a novel mechanism of metal-dependent mucin degradation. Authors: Rehman, S. / Grigoryeva, L.S. / Richardson, K.H. / Corsini, P. / White, R.C. / Shaw, R. / Portlock, T.J. / Dorgan, B. / Zanjani, Z.S. / Fornili, A. / Cianciotto, N.P. / Garnett, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s2x.cif.gz | 458.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s2x.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6s2x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2x | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain: (Details: Chains A B) |
-Components
#1: Protein | Mass: 38548.199 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila 130b (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 45% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Entry-ID: 6S2X
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Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 1.71→64.339 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.159 / WRfactor Rwork: 0.137 / SU B: 4.035 / SU ML: 0.058 / Average fsc free: 0.9546 / Average fsc work: 0.9601 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.083 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.886 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→64.339 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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