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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ymu | ||||||
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タイトル | SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CHEY MUTANT WITH MET 17 REPLACED BY GLY (M17G) | ||||||
要素 | CHEY | ||||||
キーワード | CHEMOTAXIS (走化性) / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHORYLATION (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / 走化性 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Bellsolell, L. / Coll, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: The three-dimensional structure of two mutants of the signal transduction protein CheY suggest its molecular activation mechanism. 著者: Bellsolell, L. / Cronet, P. / Majolero, M. / Serrano, L. / Coll, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Investigating the Structural Determinants of the P21-Like Triphosphate and Mg2+ Binding Site 著者: Cronet, P. / Bellsolell, L. / Sander, C. / Coll, M. / Serrano, L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Magnesium Binding to the Bacterial Chemotaxis Protein Chey Results in Large Conformational Changes Involving its Functional Surface 著者: Bellsolell, L. / Prieto, J. / Serrano, L. / Coll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ymu.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ymu.ent.gz | 44.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ymu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/1ymu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/1ymu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 110 / 2: CIS PROLINE - PRO B 110 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14211.381 Da / 分子数: 2 / 変異: INS(M0), M1R, A2S, M17G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: VECTOR DERIVED FROM PTZ18U (PHARMACIA) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年7月27日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 10135 / % possible obs: 77.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 33574 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.39 Å / % possible obs: 73.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |