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- PDB-1yk0: structure of natriuretic peptide receptor-C complexed with atrial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yk0
タイトルstructure of natriuretic peptide receptor-C complexed with atrial natriuretic peptide
要素(Atrial natriuretic ...) x 2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / HORMONE-RECEPTOR COMPLEX / NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR / ALLOSTERIC ACTIVATION (アロステリック効果) / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of delayed rectifier potassium channel activity / natriuretic peptide receptor activity / osteoclast proliferation / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / neuropeptide receptor binding / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / cGMP biosynthetic process / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / Physiological factors ...positive regulation of delayed rectifier potassium channel activity / natriuretic peptide receptor activity / osteoclast proliferation / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / neuropeptide receptor binding / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / cGMP biosynthetic process / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / Physiological factors / hormone binding / cardiac conduction system development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of urine volume / negative regulation of JUN kinase activity / regulation of osteoblast proliferation / neuropeptide hormone activity / G protein-coupled peptide receptor activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of systemic arterial blood pressure / hormone receptor binding / aortic valve morphogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / chloride ion binding / positive regulation of heart rate / cGMP-mediated signaling / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / blood vessel remodeling / positive regulation of cardiac muscle contraction / response to muscle stretch / skeletal system development / cell projection / female pregnancy / response to ischemia / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / peptide binding / hormone activity / 血圧 / vasodilation / フォールディング / perikaryon / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Natriuretic peptide, atrial type / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / Natriuretic peptide, conserved site / 心房性ナトリウム利尿ペプチド / Natriuretic peptides signature. / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Response regulator / Receptor, ligand binding region ...Natriuretic peptide, atrial type / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / Natriuretic peptide, conserved site / 心房性ナトリウム利尿ペプチド / Natriuretic peptides signature. / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Natriuretic peptides A / Atrial natriuretic peptide receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者He, X. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural determinants of natriuretic peptide receptor specificity and degeneracy.
著者: He, X.L. / Dukkipati, A. / Garcia, K.C.
履歴
登録2005年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atrial natriuretic peptide clearance receptor
B: Atrial natriuretic peptide clearance receptor
E: Atrial natriuretic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1349
ポリマ－107,9753
非ポリマー1,1596
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.866, 135.468, 137.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
モデル数2

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要素

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Atrial natriuretic ... , 2種, 3分子 ABE

#1: タンパク質 Atrial natriuretic peptide clearance receptor / ANP-C / ANPRC / NPR-C / Atrial natriuretic peptide C-type receptor


分子量: 52904.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPR3, ANPRC / プラスミド: PRMHA3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: P17342
#2: タンパク質・ペプチド Atrial natriuretic factor


分子量: 2165.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: P01160

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糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 322分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JDP

1jdp


解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.284 -random
Rwork0.24 --
all0.242 --
obs0.242 98.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6371 0 72 320 6763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.389 -
Rwork0.394 -
obs-98.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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