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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y9x | ||||||
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タイトル | Solution structure of Archaeon DNA-binding protein ssh10b | ||||||
要素 | DNA/RNA-binding protein Alba 1 | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / ARCHAEA (古細菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromosome condensation / 染色体 / double-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus shibatae (古細菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Cui, Q. / Tong, Y. / Wang, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: A stabilizing alpha/beta-hydrophobic core greatly contributes to hyperthermostability of archaeal [P62A]Ssh10b. 著者: Fang, X. / Cui, Q. / Tong, Y. / Feng, Y. / Shan, L. / Huang, L. / Wang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y9x.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y9x.ent.gz | 1003.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10575.405 Da / 分子数: 2 / 変異: P62A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: albA1, ssh10b / プラスミド: PET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60848 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.5mM Ssh10b U-95% 13C, U-98% 15N; 20mM acetate buffer;20mM KCl; 90%H2O,10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 20mM KCl / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 310 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |