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- PDB-1y5m: The crystal structure of murine 11b-hydroxysteroid dehydrogenase:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y5m
タイトルThe crystal structure of murine 11b-hydroxysteroid dehydrogenase: an important therapeutic target for diabetes
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


mineralocorticoid metabolic process / Glucocorticoid biosynthesis / glucocorticoid catabolic process / regulation of pentose-phosphate shunt / glucocorticoid biosynthetic process / 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity ...mineralocorticoid metabolic process / Glucocorticoid biosynthesis / glucocorticoid catabolic process / regulation of pentose-phosphate shunt / glucocorticoid biosynthetic process / 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Prednisone ADME / steroid catabolic process / steroid binding / lung development / apical part of cell / NADP binding / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / オクタン / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, J. / Osslund, T.D. / Plant, M.H. / Clogston, C.L. / Nybo, R.E. / Xiong, F. / Delaney, J.M. / Jordan, S.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Murine 11-Hydroxysteroid Dehydrogenase 1: An Important Therapeutic Target for Diabetes
著者: Zhang, J. / Osslund, T.D. / Plant, M.H. / Clogston, C.L. / Nybo, R.E. / Xiong, F. / Delaney, J.M. / Jordan, S.R.
履歴
登録2004年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,27510
ポリマ－61,1712
非ポリマー2,1048
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
2
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
ヘテロ分子

A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,55020
ポリマ－122,3434
非ポリマー4,20716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
Buried area20810 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area40440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.718, 96.718, 219.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1 / 11-DH / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1 / 11beta-HSD1A


分子量: 30585.680 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 24-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hsd11b1, Hsd11 / プラスミド: pAMG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GM221
参照: UniProt: P50172, 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 M Li2SO4, and 0.1 M Hepes buffer, pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月13日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 47146 / Num. obs: 43963 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.25 3557 random
Rwork0.219 --
all-43963 -
obs-40406 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.583 Å20 Å20 Å2
2--4.583 Å20 Å2
3----9.165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4078 0 218 126 4422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.786
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0828
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4272.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2N12.xprmdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4Octane.xprmion.top
X-RAY DIFFRACTION5SO4.xprm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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