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- PDB-1xg6: The crystal structure of the P1 mutant (Leu to Arg)of a Winged be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xg6
タイトルThe crystal structure of the P1 mutant (Leu to Arg)of a Winged bean chymotrypsin inhibitor(Kunitz)solved at 2.15A resolution
要素Chymotrypsin inhibitor 3
キーワードHydrolase Inhibitor / trypsin inhibitor (トリプシンインヒビター)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin inhibitor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sen, U. / Dattagupta, J.K. / Dasgupta, J. / Khamrui, S.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005
タイトル: Single mutation at P1 of a chymotrypsin inhibitor changes it to a trypsin inhibitor: X-ray structural (2.15 A) and biochemical basis
著者: Khamrui, S. / Dasgupta, J. / Dattagupta, J.K. / Sen, U.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Refined crystal structure (2.3 A) of a double-headed winged bean alpha-chymotrypsin inhibitor and location of its second reactive site
著者: Dattagupta, J.K. / Podder, A. / Chakrabarti, C. / Sen, U. / Mukhopadhyay, D. / Dutta, S.K. / Singh, M.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2001
タイトル: The role of Asn14 in the stability and conformation of the reactive-site loop of winged bean chymotrypsin inhibitor: crystal structures of two point mutants Asn14-->Lys and Asn14-->Asp
著者: Ravichandran, S. / Dasgupta, J. / Chakrabarti, C. / Ghosh, S. / Singh, M. / Dattagupta, J.K.
履歴
登録2004年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin inhibitor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7241
ポリマ－20,7241
非ポリマー00
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.570, 99.570, 37.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Chymotrypsin inhibitor 3 / Winged bean chymotrypsin inhibitor / WCI-3


分子量: 20724.357 Da / 分子数: 1 / 変異: L68R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ)
プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10822
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月6日 / 詳細: Osmic MaxFlux
放射モノクロメーター: Copper / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→15 Å / Num. obs: 11202 / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EYL

1eyl


解像度: 2.15→14.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1249123.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 577 5.2 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 11202 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.5872 Å2 / ksol: 0.318978 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.79 Å23.75 Å20 Å2
2--5.79 Å20 Å2
3----11.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→14.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1399 0 0 190 1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.912.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 87 5.1 %
Rwork0.357 1625 -
obs--89.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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