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- PDB-1xeq: Crystal tructure of RNA binding domain of influenza B virus non-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xeq
タイトルCrystal tructure of RNA binding domain of influenza B virus non-structural protein
要素Nonstructural protein NS1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) / RNA binding domain / non-structural protein (ウイルス非構造タンパク質) / NS1B / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza B non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding / S15/NS1, RNA-binding / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khan, J.A. / Yin, C. / Krug, R.M. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Conserved surface features form the double-stranded RNA binding site of non-structural protein 1 (NS1) from influenza A and B viruses.
著者: Yin, C. / Khan, J.A. / Swapna, G.V. / Ertekin, A. / Krug, R.M. / Tong, L. / Montelione, G.T.
履歴
登録2004年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Database references
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein NS1
B: Nonstructural protein NS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,28121
ポリマ－23,7632
非ポリマー1,51819
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
2
A: Nonstructural protein NS1
B: Nonstructural protein NS1
ヘテロ分子

A: Nonstructural protein NS1
B: Nonstructural protein NS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,56342
ポリマ－47,5274
非ポリマー3,03638
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+2/31
Buried area13090 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.032, 102.032, 108.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 20 - 85 / Label seq-ID: 20 - 85

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Nonstructural protein NS1


分子量: 11881.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Lee/40) (B型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus BB型インフルエンザウイルス
生物種: Influenza B virusB型インフルエンザウイルス
株: B/Lee/40 / 遺伝子: 8 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03502
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9197 Å
検出器日付: 2003年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.6 Å / Num. all: 18879 / Num. obs: 18879 / Biso Wilson estimate: 22.89 Å2
反射 シェル解像度: 2.1→2.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 3.298 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25567 1018 5.1 %RANDOM
Rwork0.21335 ---
all0.21548 18879 --
obs0.21548 18879 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1423 0 19 234 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0211451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2111.9691938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07233128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2355172
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2720.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2560.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1010.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3310.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.430.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4660.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3611.5867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26821389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6433584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5124.5549
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1083 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.730.5
medium thermal2.892
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 65
Rwork0.211 1366
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2266-0.2023-0.08250.3089-0.04950.12190.0404-0.0644-0.09440.077-0.00350.01060.0869-0.0462-0.03690.0955-0.0425-0.02960.04950.00740.071168.641121.586241.2112
20.55220.0619-0.02380.04190.05850.32590.01090.0153-0.08350.03630.02430.03030.05660.0168-0.03510.0765-0.0152-0.03460.0435-0.03410.057276.456425.629327.3435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 10315 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2BB9 - 899 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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