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- PDB-1x9k: An all-RNA Hairpin Ribozyme with mutation U39C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9k
タイトルAn all-RNA Hairpin Ribozyme with mutation U39C
要素
  • 5'-R(*AP*AP*UP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*A)-3'
  • 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*GP*CP*AP*GP*UP*CP*CP*UP*AP*UP*U)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA (リボ核酸) / Hairpin ribozyme (ヘアピンリボザイム) / all-RNA / mutation (突然変異) / high salt / S-turn / E-loop / catalytic RNA (リボザイム)
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Krucinska, J. / Kundracik, M.L. / Wedekind, J.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Conformational Heterogeneity at Position U37 of an All-RNA Hairpin Ribozyme with Implications for Metal Binding and the Catalytic Structure of the S-Turn.
著者: Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Krucinska, J. / Kundracik, M.L. / Wedekind, J.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and X-ray diffraction analysis of an all-RNA U39C mutant of the minimal hairpin ribozyme
著者: Grum-Tokars, V. / Milovanovic, M. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2004年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*CP*GP*CP*AP*GP*UP*CP*CP*UP*AP*UP*U)-3'
B: 5'-R(*AP*AP*UP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*A)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
D: 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8344
ポリマ－19,8344
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.46, 94.46, 129.12
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*GP*CP*AP*GP*UP*CP*CP*UP*AP*UP*U)-3'


分子量: 4055.421 Da / 分子数: 1 / 変異: U39C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid Phase Chemical Synthesis
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*AP*UP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*A)-3'


分子量: 4251.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'


分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, spermidine, cobalt hexaamine, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2spermidineスペルミジン11
3cobalt hexaamineHexamminecobalt(III) chloride11
4cacodylateカコジル酸11
5H2O11
6ammonium sulfate12
7cacodylateカコジル酸12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月17日
詳細: insertion device, double crystal monochromator, vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→25 Å / Num. obs: 6480 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 71.5 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 3.17→3.28 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 594 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M5K

1m5k


解像度: 3.17→24.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 13729086.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3
立体化学のターゲット値: Parkinson et al., (1996) Acta Cryst. D52, 57-64
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 648 10.5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.243 6192 --
obs0.236 6161 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.1897 Å2 / ksol: 0.1 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 160.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.28 Å2-34.31 Å20 Å2
2--13.14 Å20 Å2
3---8.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.71 Å0.72 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.75 Å1.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1313 0 0 1313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.17→3.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 147 9.8 %
Rwork0.517 1346 -
obs--99.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: DNA-RNA_REP.PARAM / Topol file: DNA-RNA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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