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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wv2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thiamine biosynthesis protein from Pseudomonas Aeruginosa | ||||||
要素 | Thiazole biosynthesis protein thiG | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Structural genomics (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC target T1779 / thiamine biosynthesis / TIM barrel (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiazole synthase / sulfurtransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of thiamine biosynthesis protein from Pseudomonas Aeruginosa 著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wv2.cif.gz | 94.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wv2.ent.gz | 72.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wv2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wv2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28262.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6B4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: Sodium Chloride, Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979, 0.97934, 0.97911, 0.97166 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月26日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 11974 / Num. obs: 11974 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å
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拘束条件 |
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