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万見
- PDB-1wdg: crystal structure of MHV spike protein fusion core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wdg
タイトルcrystal structure of MHV spike protein fusion core
要素E2 glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / MHV / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / heptad repeat / fusion core / viral entry (ウイルス侵入)
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell Golgi apparatus / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Murine hepatitis virus (マウス肝炎ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Xu, Y. / Liu, Y. / Lou, Z. / Qin, L. / Li, X. / Bai, Z. / Tien, P. / Gao, G.F. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for Coronavirus-mediated Membrane Fusion: CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE HEPATITIS VIRUS SPIKE PROTEIN FUSION CORE
著者: Xu, Y. / Liu, Y. / Lou, Z. / Qin, L. / Li, X. / Bai, Z. / Pang, H. / Tien, P. / Gao, G.F. / Rao, Z.
履歴
登録2004年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.number_obs
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E2 glycoprotein
B: E2 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7742
ポリマ－19,7742
非ポリマー00
水6,359353
1
A: E2 glycoprotein
B: E2 glycoprotein

A: E2 glycoprotein
B: E2 glycoprotein

A: E2 glycoprotein
B: E2 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3226
ポリマ－59,3226
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_635-y+1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_865-x+y+3,-x+1,z1
2
B: E2 glycoprotein

B: E2 glycoprotein

B: E2 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6613
ポリマ－29,6613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_635-y+1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_865-x+y+3,-x+1,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA, PQS
3
A: E2 glycoprotein

A: E2 glycoprotein

A: E2 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6613
ポリマ－29,6613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.6, 51.6, 198.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細three molecules in one biological unit and two molecules in one asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 E2 glycoprotein / MHV spike protein


分子量: 9887.039 Da / 分子数: 2 / 断片: nMHV 2-Helix / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine hepatitis virus (マウス肝炎ウイルス)
属: Coronavirusオルトコロナウイルス亜科 / 株: A59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11224
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月14日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 12068 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.298 597
Rwork0.26 -
all0.269 12194
obs0.262 11689
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 0 353 1543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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