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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wcb | ||||||
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タイトル | PLP-DEPENDENT CATALYTIC ANTIBODY 15A9 IN COMPLEX WITH ITS HAPTEN | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / CATALYTIC ANTIBODY (抗体酵素) / TRANSAMINATION (アミノ基転移) / PYRIDOXAL-PHOSPHATE (ピリドキサールリン酸) / HAPTEN (ハプテン) / PHOSPHOPYRIDOXYL-L-LYSINE | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / IODIDE ION / Chem-PE1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Golinelli-Pimpaneau, B. / Christen, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural Basis for D-Amino Acid Transamination by the Pyridoxal- 5' -Phosphate - Dependent Catalytic Antibody 15A9. 著者: Golinelli-Pimpaneau, B. / Luthi, C. / Christen, P. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Monoclonal Antibodies Against N-Alpha-(5'-Phosphopyridoxyl)-L-Lysine. 著者: Gramatikova, S.I. / Christen, P. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wcb.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wcb.ent.gz | 149.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/1wcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/1wcb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23355.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 15A9 MURINE HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C #2: 抗体 | 分子量: 24501.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 15A9 MURINE HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% PEG 3350, 200MM SODIUM REMARK 280 IODIDE, 50MM SODIUM ACETATE, PH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 28522 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CLO 解像度: 2.5→40 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES 詳細: THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY: ALA H 129, ALA H 130, ARG H 213, ASP H 214, ALA B 129, ALA B 130 THE SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES ARE POORLY DEFINED ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY: ALA H 129, ALA H 130, ARG H 213, ASP H 214, ALA B 129, ALA B 130 THE SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES ARE POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY AND WERE MODELLED AS ALANINE: SER L 56, LYS L 142, LYS H 43, ARG H 83, GLU H 100C, GLN H 131, SER H 134, SER H 158, GLN H 171, GLU H 191, LYS H 205, LYS H 209, GLN B 131, SER B 134, GLN B 171, LYS B 209
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溶媒の処理 | Bsol: 36.4942 Å2 / ksol: 0.332759 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.52 Å / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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