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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w42 | ||||||
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タイトル | T. celer L30e R92A variant | ||||||
要素 | 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30Eリボソーム | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / ELECTROSTATIC INTERACTIONS / THERMOSTABILITY (耐熱性) / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMOCOCCUS CELER (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, C.F. / Lee, K.M. / Chan, S.H. / Allen, M.D. / Bycroft, M. / Wong, K.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Electrostatic Interactions Contribute to Reduced Heat Capacity Change of Unfolding in a Thermophilic Ribosomal Protein L30E 著者: Lee, C.F. / Allen, M.D. / Bycroft, M. / Wong, K.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w42.cif.gz | 32 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w42.ent.gz | 20.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/1w42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/1w42 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10895.593 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS CELER (古細菌) / プラスミド: PET8C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 PLYSS / 参照: UniProt: P29160 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.74 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→32.28 Å / Num. obs: 7440 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H7M 解像度: 1.8→32.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 2.563 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.27 Å
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拘束条件 |
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