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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vub | ||||||
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タイトル | CCDB, A TOPOISOMERASE POISON FROM E. COLI | ||||||
要素 | CCDBChristian Commission for Development in Bangladesh | ||||||
キーワード | PLASMID (プラスミド) / CCDB / TOPOISOMERASE POISON / PLASMID ADDICTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / toxin-antitoxin complex / plasmid maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Loris, R. / Dao-Thi, M.-H. / Bahasi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli. 著者: Loris, R. / Dao-Thi, M.H. / Bahassi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vub.cif.gz | 89.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vub.ent.gz | 69.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vub.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/1vub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/1vub | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11721.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MS501 / 遺伝子: CCDB / プラスミド: PULB2250 / 遺伝子 (発現宿主): CCDB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MS501 / 参照: UniProt: P62554 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Dao-Thi, M.H., (1997) Acta Crystallog. sect D., 54, 975. PH range low: 8.5 / PH range high: 7.5 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→10 Å / Num. obs: 101106 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.82 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 77.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 14825 / Num. measured all: 101106 / Rmerge(I) obs: 0.098 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.6 % / Rmerge(I) obs: 0.333 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PRELIMINARY MIR MODEL IN DIFFERENT CRYSTAL FORM 解像度: 2.6→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.26 |