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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vrq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96 in complex with Folinic Acid | ||||||
要素 | (Sarcosine oxidase ...サルコシンオキシダーゼ) x 4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Heterotetrameric sarcosine oxidase / flavoenzyme (フラボタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) / sarcosine catabolic process / sarcosine oxidase activity / tetrahydrofolate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ida, K. / Moriguchi, T. / Suzuki, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMMUN. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of heterotetrameric sarcosine oxidase from Corynebacterium sp. U-96 著者: Ida, K. / Moriguchi, T. / Suzuki, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vrq.cif.gz | 362.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vrq.ent.gz | 283.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vrq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vrq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Sarcosine oxidase ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 102850.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア) 株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q50LF0, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44048.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア) 株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q50LF2, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) |
#3: タンパク質 | 分子量: 21732.541 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-200 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア) 株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q50LE9, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) |
#4: タンパク質 | 分子量: 11445.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア) 株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q50LF1, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) |
-非ポリマー , 8種, 1160分子
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-NAD / | #7: 化合物 | ChemComp-FON / | #8: 化合物 | ChemComp-FAD / | #9: 化合物 | ChemComp-FMN / | #10: 化合物 | ChemComp-DMG / | #11: 化合物 | ChemComp-ZN / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 1.9M Ammonium sulfate, 10mM CuSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→99.5 Å / Num. obs: 116783 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Num. unique all: 16862 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→99.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→99.5 Å
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拘束条件 |
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