[日本語] English
万見
- PDB-1vqx: ARRESTIN-BOUND NMR STRUCTURES OF THE PHOSPHORYLATED CARBOXY-TERMI... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vqx
タイトルARRESTIN-BOUND NMR STRUCTURES OF THE PHOSPHORYLATED CARBOXY-TERMINAL DOMAIN OF RHODOPSIN, REFINED
要素RHODOPSINロドプシン
キーワードSIGNALING PROTEIN / HELIX-LOOP
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / podosome assembly / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / podosome assembly / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / G protein-coupled photoreceptor activity / photoreceptor inner segment membrane / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / photoreceptor outer segment / response to light stimulus / G-protein alpha-subunit binding / sperm midpiece / 視覚 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / photoreceptor disc membrane / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / 遺伝子発現 / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR
データ登録者Kisselev, O.G. / Downs, M.A. / Mcdowell, J.H. / Hargrave, P.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Conformational Changes in the Phosphorylated C-Terminal Domain of Rhodopsin During Rhodopsin Arrestin Interactions
著者: Kisselev, O.G. / Downs, M.A. / Mcdowell, J.H. / Hargrave, P.A.
履歴
登録2005年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年1月18日ID: 1TQK
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RHODOPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4981
ポリマ－2,4981
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド RHODOPSIN / ロドプシン


分子量: 2497.842 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN BOS TAURUS.
参照: UniProt: P02699

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
NMR実験の詳細Text: PHOSPHATES ARE MISSING IN THIS STRUCTURE BECAUSE THEY WERE NOT PART OF THE CALCULATIONS.

-
試料調製

詳細内容: 0.16 MM PURIFIED ARRESTIN, 1.77 MM 7-PHOSPHO-RH(330-348) IN SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 10% D2O IN A TOTAL VOLUME OF 0.6 ML
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Tinker3.9PONDER精密化
VNMR5.2構造決定
Tinker3.9構造決定
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る