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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vf5 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cytochrome b6f Complex from M.laminosus | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / membrane protein complex (生体膜) / electron transfer complex (電子移動反応) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastoquinol--plastocyanin reductase activity / シトクロムb6f複合体 / シトクロムb6f複合体 / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / 光合成 / respiratory electron transport chain ...plastoquinol--plastocyanin reductase activity / シトクロムb6f複合体 / シトクロムb6f複合体 / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / 光合成 / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mastigocladus laminosus (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kurisu, G. / Zhang, H. / Smith, J.L. / Cramer, W.A. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2003 タイトル: Structure of the Cytochrome B6F Complex of Oxygenic Photosynthesis: Tuning the Cavity 著者: Kurisu, G. / Zhang, H. / Smith, J.L. / Cramer, W.A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: A Defined Protein-Detergent-Lipid Complex for Crystallization of Integral Membrane Proteins: The Cytochrome B6F Complex of Oxygenic Photosynthesis 著者: Zhang, H. / Kurisu, G. / Smith, J.L. / Cramer, W.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vf5.cif.gz | 364.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vf5.ent.gz | 295.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vf5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vf5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 ANBOCPDQ
#1: タンパク質 | 分子量: 24245.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83791 #2: タンパク質 | 分子量: 17636.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83792 #3: タンパク質 | 分子量: 31655.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83793 #4: タンパク質 | 分子量: 19450.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83794 |
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-タンパク質・ペプチド , 4種, 8分子 ERFSGTHU
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3504.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83795 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3843.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83796 #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4016.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83797 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3276.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83798 |
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-非ポリマー , 8種, 24分子
#9: 化合物 | ChemComp-HEM / #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-OPC / ( #13: 化合物 | #14: 化合物 | #15: 化合物 | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG400, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→150 Å / Num. obs: 100622 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→48.16 Å / Data cutoff high absF: 2928724.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: Twinning was treated during refinement and the twinning fraction set to 0.50.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.1547 Å2 / ksol: 0.31323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→48.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
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