[日本語] English
万見
- PDB-1e2v: N153Q mutant of cytochrome f from Chlamydomonas reinhardtii -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e2v
タイトルN153Q mutant of cytochrome f from Chlamydomonas reinhardtii
要素CYTOCHROME F
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / INTERNAL WATER CHAIN / PHOTOSYNTHETIC FUNCTION IMPAIRED
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome f large domain / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rudiment single hybrid motif ...Cytochrome f large domain / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rudiment single hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / HEME C / Cytochrome f
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sainz, G. / Carrell, C.J. / Ponamarev, M.V. / Soriano, G.M. / Cramer, W.A. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Interruption of the Internal Water Chain of Cytochrome F Impairs Photosynthetic Function
著者: Sainz, G. / Carrell, C.J. / Ponamarev, M.V. / Soriano, G.M. / Cramer, W.A. / Smith, J.L.
履歴
登録2000年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME F
B: CYTOCHROME F
C: CYTOCHROME F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6219
ポリマ－81,5883
非ポリマー2,0336
水21,3661186
1
A: CYTOCHROME F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9334
ポリマ－27,1961
非ポリマー7373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8743
ポリマ－27,1961
非ポリマー6782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CYTOCHROME F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8142
ポリマ－27,1961
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.120, 94.220, 121.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME F /


分子量: 27195.988 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
遺伝子: PETA / プラスミド: PUCPF2 / 遺伝子 (発現宿主): CCMABCDEFGH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MV1190 / 参照: UniProt: P23577
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B, C ENGINEERED MUTATION ASN153GLN. ONLY THE SOLUBLE DOMAIN OF THE MATURE MEMBRANE PROTEIN ...CHAIN A, B, C ENGINEERED MUTATION ASN153GLN. ONLY THE SOLUBLE DOMAIN OF THE MATURE MEMBRANE PROTEIN WAS EXPRESSED AND CRYSTALLIZED (251 A.A. OF 317 A.A.). 31-RESIDUE PRE-SEQUENCE IS A THYLAKOID IMPORT SIGNAL; C-TERMINAL 35-RESIDUES ARE THE MEMBRANE ANCHOR. BOTH WERE EXCLUDED FROM THE EXPRESSED CONSTRUCT.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化pH: 6.5
詳細: THE PROTEIN WAS BUFFERED IN 10 MM NA2HPO4/NAH2PO4, 1 MM DTT, PH 6.5 AND THE RESERVOIR CONTAINED 100 MM MES, PH 6.5, 25 MM CALCIUM ACETATE, 1 MM DTT AND 17-19% PEG 8000.
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: temperature was changed to 20 degress after 4 days
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
280 mM1dropNa2HPO4/NaH2PO4
31 mMdithiothreitol1drop
4100 mMMES1reservoir
525 mMcalcium acetate1reservoir
61 mMdithiothreitol1reservoir
717-19 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.85 Å / Num. obs: 73484 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 90.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 329989
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EWH

1ewh


解像度: 1.85→42.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2405744.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3635 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 71428 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.308 Å2 / ksol: 0.340713 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.46 Å20 Å20 Å2
2---2.01 Å20 Å2
3---4.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-43.85 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5751 0 141 1186 7078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.672.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 550 5.2 %
Rwork0.221 9951 -
obs--85.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X.HEMETOPH19CNS.HEME
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ACETATE.PARACETATE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る