- PDB-1veq: Mycobacterium smegmatis Dps Hexagonal form -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 1veq
タイトル
Mycobacterium smegmatis Dps Hexagonal form
要素
starvation-induced DNA protecting protein
キーワード
DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-binding protein (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報
酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / 核様体 / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein / DNA protection during starvation protein 類似検索 - 構成要素
A: starvation-induced DNA protecting protein B: starvation-induced DNA protecting protein C: starvation-induced DNA protecting protein D: starvation-induced DNA protecting protein E: starvation-induced DNA protecting protein F: starvation-induced DNA protecting protein G: starvation-induced DNA protecting protein H: starvation-induced DNA protecting protein I: starvation-induced DNA protecting protein J: starvation-induced DNA protecting protein K: starvation-induced DNA protecting protein L: starvation-induced DNA protecting protein ヘテロ分子
解像度: 3.98→4.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.478 / % possible all: 89.3
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
AMoRE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Cubic form of the Mycobacterium smegmatis Dps 解像度: 3.98→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 8061584.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0