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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uwj | ||||||
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タイトル | The complex of mutant V599E B-RAF and BAY439006. | ||||||
要素 | B-RAF PROTO-ONCOGENE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / THREONINE-PROTEIN KINASE / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell differentiation in thymus / cell body / regulation of cell population proliferation / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Barford, D. / Roe, S.M. / Wan, P.T.C. / Cancer Genome Project | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Mechanism of Activation of the Raf-Erk Signaling Pathway by Oncogenic Mutations of B-Raf 著者: Wan, P.T.C. / Garnett, M.J. / Roe, S.M. / Lee, S. / Niculescu-Duvaz, D. / Good, V.M. / Jones, C.M. / Marshall, C.J. / Springer, C.J. / Barford, D. / Marais, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uwj.cif.gz | 104.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uwj.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uwj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31510.492 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 447-722 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P15056, EC: 2.7.1.37, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED MUTATION VAL 599 GLU INVOLVED IN MITOGENIC SIGNAL TRANSDUCTION FROM THE CELL MEMBRANE TO ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9202 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9202 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 10811 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. measured all: 42058 / Rmerge(I) obs: 0.133 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 1532 / Num. measured obs: 6144 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: IN-HOUSE BRAF STRUCTURE 解像度: 3.5→29.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 4325007.31 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES AT THE N AND C-TERMINI AND PART OF THE ACTIVATION LOOP (602-613) ARE DISORDERED AND NOT SEEN.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.2617 Å2 / ksol: 0.415952 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 5.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.356 / Rfactor Rwork: 0.274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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