PDB-1uwe: MOLECULAR MECHANISM OF ENANTIOSELECTIVE PROTON TRANSFER TO CARBON...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1uwe

タイトル

MOLECULAR MECHANISM OF ENANTIOSELECTIVE PROTON TRANSFER TO CARBON IN CATALYTIC ANTIBODY 14D9

要素

(ANTIBODY 14D9) x 2

キーワード

ANTIBODY (抗体)

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Baumann, U. / Reymond, J.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Molecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon in Catalytic Antibody 14D9
著者: Zheng, L. / Baumann, U. / Reymond, J.L.

履歴

登録	2004年2月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb1uwe.ent.gz	196 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1uwgC 1d5iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qg7-d 4r4b-4 3fzu-2 1ngx-2 4lly-1 2xzc-d 5tjd-d 6y49-d 5xrq-1 4r7d-5 4kjp-3 4r7n-7 6arp-2 2o5z-d 6pds-1 6ju0-1 1rzi-5 6z3k-4 4yny-1 4odu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: ANTIBODY 14D9

L: ANTIBODY 14D9

U: ANTIBODY 14D9

V: ANTIBODY 14D9

X: ANTIBODY 14D9

Y: ANTIBODY 14D9

137 kDa, 6 ポリマー
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1

H: ANTIBODY 14D9

L: ANTIBODY 14D9

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
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2

U: ANTIBODY 14D9

V: ANTIBODY 14D9

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45.8 kDa, 2 ポリマー
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3

X: ANTIBODY 14D9

Y: ANTIBODY 14D9

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.100, 142.790, 125.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	X
3	1	U
1	2	H
2	2	Y
3	2	V

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	THR	THR	L	B	1 - 109	1 - 110
2	1	1	LEU	LEU	THR	THR	X	E	1 - 109	1 - 110
3	1	1	LEU	LEU	THR	THR	U	C	1 - 109	1 - 110
1	2	1	VAL	VAL	GLY	GLY	L	B	110 - 212	111 - 213
2	2	1	VAL	VAL	GLY	GLY	X	E	110 - 212	111 - 213
3	2	1	VAL	VAL	GLY	GLY	U	C	110 - 212	111 - 213
1	1	2	LEU	LEU	SER	SER	H	A	4 - 113	1 - 115
2	1	2	LEU	LEU	SER	SER	Y	F	4 - 113	1 - 115
3	1	2	LEU	LEU	SER	SER	V	D	4 - 113	1 - 115
1	2	2	SER	SER	CYS	CYS	H	A	115 - 216	117 - 218
2	2	2	SER	SER	CYS	CYS	Y	F	115 - 216	117 - 218
3	2	2	SER	SER	CYS	CYS	V	D	115 - 216	117 - 218

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	ANTIBODY 14D9 分子量: 22864.404 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB HEAVY CHAIN, RESIDUES 4-216 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#2: 抗体	ANTIBODY 14D9 分子量: 22940.182 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-212 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.54 %

結晶化

pH: 4 / 詳細: PEG3350, CITRIC ACID, PH 3.5

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 3 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	8 %	PEG3350	1	reservoir
2	50 mM	citric acid	1	reservoir	pH3.0
3	20 mg/ml	Fab	1	drop
4	5 mM		1	drop		NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4
検出器	検出器: CCD / 日付: 2001年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.67→20 Å / Num. obs: 157522 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.15 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 22.4
反射シェル	解像度: 2.67→2.83 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 77.6
反射	PLUS 最高解像度: 2.67 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 49857 / Num. measured all: 157522 / R_merge(I) obs*: 0.035
反射シェル	PLUS % possible obs: 77.6 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs*: 5.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D5I

1d5i

解像度: 2.67→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 11.93 / SU ML: 0.252 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.549 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	1530	3 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.219	49895	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.15 Å²	0 Å²	1.15 Å²
2-	-	-0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9678	0	0	25	9703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	9927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.005	1.938	13569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.485	5	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	7572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.267	0.2	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.468	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.319	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.328	1	6435
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.676	1	10407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.789	1.5	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.228	4.5	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	L	852	tight positional	0.08	0.05
1	2	X	852	tight positional	0.08	0.05
1	3	U	852	tight positional	0.11	0.05
2	1	H	868	tight positional	0.16	0.05
2	2	Y	868	tight positional	0.12	0.05
2	3	V	868	tight positional	0.13	0.05
1	1	L	762	loose positional	0.37	5
1	2	X	762	loose positional	0.37	5
1	3	U	762	loose positional	0.37	5
2	1	H	739	loose positional	0.75	5
2	2	Y	739	loose positional	0.53	5
2	3	V	739	loose positional	0.5	5
1	1	L	852	tight thermal	0.19	0.5
1	2	X	852	tight thermal	0.18	0.5
1	3	U	852	tight thermal	0.2	0.5
2	1	H	868	tight thermal	0.18	0.5
2	2	Y	868	tight thermal	0.21	0.5
2	3	V	868	tight thermal	0.24	0.5
1	1	L	762	loose thermal	1.54	10
1	2	X	762	loose thermal	1.43	10
1	3	U	762	loose thermal	1.72	10
2	1	H	739	loose thermal	1.81	10
2	2	Y	739	loose thermal	1.65	10
2	3	V	739	loose thermal	2.09	10

LS精密化シェル

解像度: 2.67→2.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.407	92
R_work	0.332	3589

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6135	-3.9689	4.9962	9.3929	-4.8799	5.2526	-0.6915	-0.718	0.6259	1.6808	0.0657	-1.5612	-0.9433	0.3841	0.6258	0.5161	-0.0178	-0.4841	0.869	-0.0442	1.0292	50.343	62.685	43.186
2	4.7938	5.8624	2.5101	11.8203	1.583	4.5589	-0.1622	-0.0315	-0.2489	-0.5743	0.2922	0.5834	0.3691	-0.5379	-0.1301	0.3301	-0.2068	-0.0976	0.6111	0.0468	0.5739	23.367	52.933	19.154
3	12.0331	6.4563	3.4352	11.5799	0.6635	3.1506	-0.1847	-0.1753	-1.5348	1.1413	0.3072	-2.4787	0.4759	0.5637	-0.1226	0.5517	0.1881	-0.2797	0.9544	0.2358	1.5532	54.498	40.91	42.326
4	4.9104	2.6271	-2.3339	11.4936	-5.5032	8.8393	-0.3024	0.6638	-0.4974	-1.7564	0.0861	-0.5813	0.6377	0.2782	0.2163	0.619	-0.0726	0.1631	0.6572	-0.1266	0.7447	36.571	44.757	16.963
5	7.9339	-3.5572	-5.1135	7.4629	2.6311	5.2407	0.5006	0.4672	1.1433	-0.56	-0.0415	-0.3309	-0.8122	-0.3774	-0.4591	0.459	-0.098	-0.052	0.5736	0.061	0.9186	11.85	54.15	44.436
6	8.219	3.3854	-1.5882	12.6128	-2.153	3.8561	-0.3898	0.45	-1.0137	-0.5226	0.0003	-0.3921	1.2129	-0.169	0.3895	0.6831	-0.1134	0.0251	0.5058	-0.0654	0.7234	19.69	17.587	42.751
7	5.6774	1.4167	-0.7184	10.5741	0.2296	7.697	0.1561	-0.4548	1.1556	0.4731	-0.1549	0.233	-0.6281	-0.6629	-0.0012	0.2451	-0.0628	-0.087	0.8399	-0.1762	0.6963	-2.379	47.2	59.891
8	19.9349	0.2625	-1.1932	4.9675	0.3034	4.1633	-0.4898	-1.5217	-0.6573	0.6777	0.2286	-0.7057	1.0134	0.7595	0.2613	0.6696	-0.0871	-0.2313	0.7639	0.0564	0.4394	16.498	22.346	57.301
9	2.9086	1.6185	-1.3307	2.2338	-0.2392	11.5573	0.4492	-0.4545	0.0458	0.252	-0.2788	-0.2518	-0.4618	1.0843	-0.1704	0.3764	-0.1706	-0.105	0.505	-0.0113	0.3783	57.828	95.512	22.413
10	8.7248	5.8947	-2.1109	7.6536	-0.249	7.4565	0.2971	-0.3218	-0.0574	0.79	-0.2524	0.4121	0.5358	-0.4862	-0.0447	0.5093	-0.1768	0.0037	0.5789	-0.0983	0.4103	33.398	82.663	47.472
11	5.7376	3.9569	-3.6674	6.4459	-2.4326	7.8633	0.2183	0.4023	0.3055	-0.3024	-0.0166	0.3198	-0.4005	-0.5249	-0.2018	0.3076	0.0459	-0.1409	0.4545	-0.0037	0.3719	41.52	89.911	8.526
12	2.728	0.4763	1.0202	9.1505	5.1368	8.4509	-0.1471	-0.4064	0.6332	0.4495	-0.325	0.9324	-0.7259	-1.3404	0.4721	0.4214	0.1257	-0.0448	0.711	-0.0755	0.6515	26.141	90.168	35.66

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	110 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	4 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	114 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	X	1 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	X	110 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	Y	4 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	Y	114 - 216
9	X-RAY DIFFRACTION	9	U	1 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	U	110 - 212
11	X-RAY DIFFRACTION	11	V	4 - 113
12	X-RAY DIFFRACTION	12	V	114 - 216

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.27 / R_factor R_work: 0.216

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: r_bond_d / Dev ideal: 0.006

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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