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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uvi | ||||||
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タイトル | The structural basis for RNA specificity and Ca2 inhibition of an RNA-dependent RNA polymerase phi6p2 with 6nt RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | POLYMERASE (ポリメラーゼ) / POLYMERASE-COMPLEX / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE COMPLEX WITH 6NT RNA OLIGONUCLEOTIDE / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas phage phi6 (ファージ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Salgado, P.S. / Makeyev, E.V. / Butcher, S. / Bamford, D. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: The structural basis for RNA specificity and Ca2+ inhibition of an RNA-dependent RNA polymerase. 著者: Salgado, P.S. / Makeyev, E.V. / Butcher, S.J. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uvi.cif.gz | 405.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uvi.ent.gz | 329.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uvi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/1uvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/1uvi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE POLYMERASE IS A MONOMER IN SOLUTION, BUT SINCEIT IS IN COMPLEX WITH RNA IN THIS ENTRY, THE OLIGOMERIS ANNOTATED AS A DIMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74903.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas phage phi6 (ファージ) 遺伝子: P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11124, RNA依存性RNAポリメラーゼ #2: RNA鎖 | 分子量: 1790.069 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMMERCIALLY SUPPLIED BY OSWELL LTD / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | FUNCTION: P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID, WHICH IS RESPONSIBLE ...FUNCTION: P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.3 詳細: 100MM HEPES PH7.3, 13% PEG 20000, 2MM MNCL2, 2% EG, 0.036MG PROTEIN INCUBATED WITH 0.006MM 6NT RNA, pH 7.30 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: その他詳細: Butcher, S.J., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, D56, 1473. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 142476 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 83.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 142686 / Num. measured all: 1522219 / Rmerge(I) obs: 0.126 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 83.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HHS 解像度: 2.15→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2609497.07 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 6NT RNA OLIGO WAS CRYSTALLIZED ONLY 4NT (5'-UUCC-3') WERE TRACEABLE IN ED MAPS BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43 Å2 / ksol: 0.38218 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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