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- PDB-1uta: Solution structure of the C-terminal RNP domain from the divisome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uta
タイトルSolution structure of the C-terminal RNP domain from the divisome protein FtsN
要素CELL DIVISION PROTEIN FTSN細胞分裂
キーワードCELL DIVISION (細胞分裂) / BACTERIAL CELL DIVISION PROTEIN / RNP DOMAIN / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / INNER MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum / divisome complex / cell septum / peptidoglycan binding / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / 細胞分裂 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsN / Sporulation related repeat / Sporulation-like domain / Sporulation-like domain superfamily / SPOR domain / SPOR domain profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsN
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yang, J.-C. / van den Ent, F. / Neuhaus, D. / Brevier, J. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure and Domain Architecture of the Divisome Protein Ftsn
著者: Yang, J.-C. / van den Ent, F. / Neuhaus, D. / Brevier, J. / Lowe, J.
履歴
登録2003年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN FTSN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9281
ポリマ－8,9281
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)45 / 50LOW NOE ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN FTSN / 細胞分裂 / FTSN / MSGA


分子量: 8928.043 Da / 分子数: 1 / 断片: RNP DOMAIN, RESIDUES 239-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P29131
構成要素の詳細FUNCTION: ESSENTIAL CELL DIVISION PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D (1H
1211H) NOESY
1312D (1H
1411H) TOCSY
1512D (1H
1611H) DQF-COSY
1712D 15N-HSQC
1813D 15N NOESY-HSQC
1913D 15N TOCSY-HSQC
11013D 15N-HSQC-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 15N LABELLED PROTEIN AND STANDARD PROTOCOLS

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試料調製

試料状態pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: AS DESCRIBED IN CITATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOW NOE ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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