PDB-1ut7: Structure of the conserved domain of ANAC, a member of the NAC fa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ut7

タイトル

Structure of the conserved domain of ANAC, a member of the NAC family of transcription factors

要素

NO APICAL MERISTEM PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) /

DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / ABSCISIC ACID RESPONSE /

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) / NAC DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

response to water deprivation / DNA-binding transcription factor activity /

DNA binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ernst, H.A. / Olsen, A.N. / Skriver, K. / Larsen, S. / Lo Leggio, L.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2004
タイトル: Structure of the Conserved Domain of Anac, a Member of the Nac Family of Transcription Factors
著者: Ernst, H.A. / Olsen, A.N. / Skriver, K. / Larsen, S. / Lo Leggio, L.

履歴

登録	2003年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ut7.cif.gz	77.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ut7.ent.gz	58.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ut7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ut7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ut7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ut4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ut4-d 1kw2-2 1j7e-2 1ni0-1 1j78-2 3esl-d 1kw2-1 3rez-d 1j78-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NO APICAL MERISTEM PROTEIN

B: NO APICAL MERISTEM PROTEIN

ヘテロ分子

40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.365, 75.302, 80.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	4	A	A	16 - 20	19 - 23
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	4	B	B	16 - 20	19 - 23
1	2	TYR	TYR	LEU	LEU	1	A	A	21 - 32	24 - 35
2	2	TYR	TYR	LEU	LEU	1	B	B	21 - 32	24 - 35
1	3	ARG	ARG	LYS	LYS	6	A	A	34 - 35	37 - 38
2	3	ARG	ARG	LYS	LYS	6	B	B	34 - 35	37 - 38
1	4	ILE	ILE	ALA	ALA	4	A	A	46 - 47	49 - 50
2	4	ILE	ILE	ALA	ALA	4	B	B	46 - 47	49 - 50
1	5	GLU	GLU	GLU	GLU	1	A	A	48	51
2	5	GLU	GLU	GLU	GLU	1	B	B	48	51
1	6	ILE	ILE	ILE	ILE	3	A	A	49	52
2	6	ILE	ILE	ILE	ILE	3	B	B	49	52
1	7	ASP	ASP	ASP	ASP	1	A	A	50	53
2	7	ASP	ASP	ASP	ASP	1	B	B	50	53
1	8	LEU	LEU	LEU	LEU	2	A	A	51	54
2	8	LEU	LEU	LEU	LEU	2	B	B	51	54
1	9	TYR	TYR	TRP	TRP	1	A	A	52 - 57	55 - 60
2	9	TYR	TYR	TRP	TRP	1	B	B	52 - 57	55 - 60
1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	5	A	A	58	61
2	10	VAL	VAL	VAL	VAL	5	B	B	58	61
1	11	PRO	PRO	PRO	PRO	1	A	A	60	63
2	11	PRO	PRO	PRO	PRO	1	B	B	60	63
1	12	ASN	ASN	ASN	ASN	2	A	A	61	64
2	12	ASN	ASN	ASN	ASN	2	B	B	61	64
1	13	LYS	LYS	GLU	GLU	4	A	A	62 - 69	65 - 72
2	13	LYS	LYS	GLU	GLU	4	B	B	62 - 69	65 - 72
1	14	TRP	TRP	ARG	ARG	1	A	A	70 - 76	73 - 79
2	14	TRP	TRP	ARG	ARG	1	B	B	70 - 76	73 - 79
1	15	PRO	PRO	ASN	ASN	4	A	A	86 - 87	89 - 90
2	15	PRO	PRO	ASN	ASN	4	B	B	86 - 87	89 - 90
1	16	ARG	ARG	ILE	ILE	1	A	A	88 - 103	91 - 106
2	16	ARG	ARG	ILE	ILE	1	B	B	88 - 103	91 - 106
1	17	ILE	ILE	ILE	ILE	3	A	A	104	107
2	17	ILE	ILE	ILE	ILE	3	B	B	104	107
1	18	SER	SER	GLN	GLN	1	A	A	105 - 109	108 - 112
2	18	SER	SER	GLN	GLN	1	B	B	105 - 109	108 - 112
1	19	ARG	ARG	ARG	ARG	6	A	A	110	113
2	19	ARG	ARG	ARG	ARG	6	B	B	110	113
1	20	VAL	VAL	LEU	LEU	1	A	A	111 - 117	114 - 120
2	20	VAL	VAL	LEU	LEU	1	B	B	111 - 117	114 - 120
1	21	VAL	VAL	VAL	VAL	3	A	A	118	121
2	21	VAL	VAL	VAL	VAL	3	B	B	118	121
1	22	PHE	PHE	TYR	TYR	1	A	A	119 - 120	122 - 123
2	22	PHE	PHE	TYR	TYR	1	B	B	119 - 120	122 - 123
1	23	ILE	ILE	ILE	ILE	3	A	A	121	124
2	23	ILE	ILE	ILE	ILE	3	B	B	121	124
1	24	GLY	GLY	MET	MET	1	A	A	122 - 134	125 - 137
2	24	GLY	GLY	MET	MET	1	B	B	122 - 134	125 - 137
1	25	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	135	138
2	25	HIS	HIS	HIS	HIS	3	B	B	135	138
1	26	GLU	GLU	LEU	LEU	1	A	A	136 - 139	139 - 142
2	26	GLU	GLU	LEU	LEU	1	B	B	136 - 139	139 - 142
1	27	ILE	ILE	ILE	ILE	4	A	A	140	143
2	27	ILE	ILE	ILE	ILE	4	B	B	140	143
1	28	ASP	ASP	VAL	VAL	2	A	A	153 - 155	156 - 158
2	28	ASP	ASP	VAL	VAL	2	B	B	153 - 155	156 - 158
1	29	CYS	CYS	LYS	LYS	1	A	A	157 - 162	160 - 165
2	29	CYS	CYS	LYS	LYS	1	B	B	157 - 162	160 - 165
1	30	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	163	166
2	30	GLN	GLN	GLN	GLN	3	B	B	163	166

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99931, 0.035948, 0.009284), (0.034701, 0.99325, -0.1107), (-0.013201, -0.1103, -0.99381)
ベクター: 60.924, 3.0726, 86.02)

#1: タンパク質	NO APICAL MERISTEM PROTEIN / NAM / ANAC / ABSCISIC ACID RESPONSIVE NAC / DICYANOAURATE DERIVATIVE 分子量: 19780.664 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING NAC DOMAIN, RESIDUES 1-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DICYANOAURATE DERIVATIVE 由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C932
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	NP_175697 (1-168) + THREE EXTRA RES AT THE N-TERM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 30 %

結晶化

pH: 7 / 詳細: pH 7.00

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Olsen, A., (2004) Acta Crystallogr.,Sect.D, 60, 112.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10-15 %	PEG4000	1	reservoir
2	0.1 M	imidazole-malic acid	1	reservoir	pH7.0
3	3.2-7.7 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9999
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 26725 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.1
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / R_merge(I) obs*: 0.061
反射シェル	PLUS % possible obs: 95.1 % / R_merge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs*: 2.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 3.517 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	1505	5.1 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	28277	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2438	0	3	183	2624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.951	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.306	3	5315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.685	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.298	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.033	1.5	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.94	2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.308	3	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.849	4.5	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1361	tight positional	0.05	0.05
323	medium positional	0.53	0.5
127	loose positional	0.89	5
1361	tight thermal	0.21	0.5
323	medium thermal	0.75	2
127	loose thermal	1.1	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.276	101
R_work	0.24	1933

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_deg	6.7

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関連情報:EMDBヘッダ

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