+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rez | ||||||
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Title | glycoprotein GPIb variant | ||||||
Components | Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / platelet surface receptor / Glycoprotein / GP1BB and GPIX | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycoprotein Ib-IX-V complex / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / plasma membrane => GO:0005886 / Platelet Aggregation (Plug Formation) / release of sequestered calcium ion into cytosol ...glycoprotein Ib-IX-V complex / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / plasma membrane => GO:0005886 / Platelet Aggregation (Plug Formation) / release of sequestered calcium ion into cytosol / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet activation / transmembrane signaling receptor activity / blood coagulation / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J. | ||||||
Citation | Journal: Blood / Year: 2011 Title: Quaternary organization of GPIb-IX complex and insights into Bernard-Soulier syndrome revealed by the structures of GPIb beta and a GPIb beta/GPIX chimera Authors: McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rez.cif.gz | 192.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rez.ent.gz | 161.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rez.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3rez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3rez | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 14087.135 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GP1BB and GPIX chimeria / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GP1BB, GP9 / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) / References: UniProt: P13224, UniProt: P14770 |
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-Sugars , 3 types, 7 molecules
#2: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Sugar | ChemComp-FUL / | #5: Sugar | ChemComp-MAN / | |
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-Non-polymers , 2 types, 280 molecules
#3: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.1 M MMT buffer pH 5 (MMT buffer is a mixture of DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios 1:2:2 DL-malic acid:MES:Tris base), 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.8726 Å |
Detector | Type: MARC MOSAIC3 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si(311) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→62.36 Å / Num. obs: 23135 / % possible obs: 100 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35→42.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 16.842 / SU ML: 0.189 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.51 / ESU R Free: 0.283 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.575 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→42.17 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 692 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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