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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uov | ||||||
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タイトル | Calcium binding domain C2B | ||||||
要素 | SYNAPTOTAGMIN ISynaptotagmin | ||||||
キーワード | GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / SYNAPSE (シナプス) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion sensor activity / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle ...synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion sensor activity / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of vesicle fusion / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / syntaxin-1 binding / syntaxin binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / excitatory synapse / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / 分泌 / terminal bouton / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / シナプス小胞 / presynaptic membrane / 細胞分化 / calmodulin binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 / glutamatergic synapse / calcium ion binding / ゴルジ体 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, Y. / Sequeira, S.M. / Sollner, T.H. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004 タイトル: Crystallographic Identification of Ca2+ and Sr2+ Coordination Sites in Synaptotagmin I C2B Domain 著者: Cheng, Y. / Sequeira, S.M. / Malinina, L. / Tereshko, V. / Sollner, T.H. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uov.cif.gz | 82.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uov.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uov.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/1uov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/1uov | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17822.727 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 3 CALCIUM IONS BOUND / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21707 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 % |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS / 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 2003年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 22306 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 24.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 4.13 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K5W 解像度: 1.65→20 Å / SU B: 1.262 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.327 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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