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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ujx | ||||||
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タイトル | The forkhead associated (FHA) domain like structure from mouse polynucleotide kinase 3'-phosphatase | ||||||
要素 | polynucleotide kinase 3'-phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / TRANSFERASE (転移酵素) / DNA REPAIR (DNA修復) / FHA domain / polynucleotide kinase 3'-phosphatase / beta-sandwich / antiparallel beta-sheets / phosphopeptide binding motif / structural genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ポリヌクレオチド-3'-ホスファターゼ / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase activity / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / DNA ligation involved in DNA repair / SCF複合体 / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...ポリヌクレオチド-3'-ホスファターゼ / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase activity / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / DNA ligation involved in DNA repair / SCF複合体 / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / リン酸化 / DNA修復 / DNA damage response / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The forkhead associated (FHA) domain like structure from mouse polynucleotide kinase 3'-phosphatase 著者: Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ujx.cif.gz | 676.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ujx.ent.gz | 566.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ujx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12322.932 Da / 分子数: 1 / 断片: FHA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 1810009G08 / プラスミド: P030107-24 参照: UniProt: Q9JLV6, ポリヌクレオチド-3'-ホスファターゼ, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.16mM FHA domain U-15N, 13C; 20mM phosphate Na(pH 6.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |