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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ufo | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of TT1662 from Thermus thermophilus | ||||||
要素 | hypothetical protein TT1662仮説 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta fold / structural genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / membrane => GO:0016020 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 加水分解酵素 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Murayama, K. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of TT1662 from Thermus thermophilus HB8: a member of the alpha/beta hydrolase fold enzymes. 著者: Murayama, K. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ufo.cif.gz | 318 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ufo.ent.gz | 260.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ufo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/1ufo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/1ufo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26256.873 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83821 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 24% PEG3350, 0.2M KF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 174213 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.072 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1336033 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.321 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→21.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2514544.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 82.0509 Å2 / ksol: 0.465362 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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