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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ucq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the L intermediate of bacteriorhodopsin | |||||||||
要素 | bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン | |||||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / proton pump (プロトンポンプ) / retinal protein (レチナール) / membrane protein (膜タンパク質) / protein-lipid complex / reaction intermediate (反応中間体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Kouyama, T. / Nishikawa, T. / Tokuhisa, T. / Okumura, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of the L Intermediate of Bacteriorhodopsin: Evidence for Vertical Translocation of a Water Molecule during the Proton Pumping Cycle. 著者: Kouyama, T. / Nishikawa, T. / Tokuhisa, T. / Okumura, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ucq.cif.gz | 68.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ucq.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ucq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/1ucq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/1ucq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1iw6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and -x+y, -x, z. |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: jw3 / 参照: UniProt: P02945 |
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 47分子
#3: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-L3P / #5: 化合物 | ChemComp-L2P / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 13880 / Num. obs: 13880 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 50.406 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1986 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 49.2 % / Num. measured obs: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1iw6 解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Diffraction data were collected for a 4:1 mixture of the ground state and the L intermediate. For refinement of the L-state structure, the contribution of the ground state was subtracted ...詳細: Diffraction data were collected for a 4:1 mixture of the ground state and the L intermediate. For refinement of the L-state structure, the contribution of the ground state was subtracted using diffraction data collected for the pure ground state.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 66.4738 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50.3 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.332 / Rfactor Rwork: 0.3 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.506 / Rfactor Rwork: 0.503 |