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- PDB-1ua5: Non-fusion GST from S. japonicum in complex with glutathione -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ua5
タイトルNon-fusion GST from S. japonicum in complex with glutathione
要素glutathione S-transferaseグルタチオン-S-トランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kursula, I. / Heape, A.M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of non-fused glutathione S-transferase from Schistosoma japonicum in complex with glutathione.
著者: Kursula, I. / Heape, A.M. / Kursula, P.
履歴
登録2003年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Non-polymer description
改定 1.42019年12月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9383
ポリマ－25,5351
非ポリマー4032
水2,090116
1
A: glutathione S-transferase
ヘテロ分子

A: glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8766
ポリマ－51,0692
非ポリマー8074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.527, 92.527, 57.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1042-

HOH

21A-1097-

HOH

31A-1103-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 glutathione S-transferase / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione S-transferase 26 kDa


分子量: 25534.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08515, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 8868 / Num. obs: 8868 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 974 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 10.242 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.685 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22134 443 5 %RANDOM
Rwork0.16905 ---
all0.17182 8851 --
obs0.17182 8851 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1770 0 25 116 1911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221841
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.9892484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79233885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0925214
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.21906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2280.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.05831072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78241729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0383769
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6724755
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.411 32
Rwork0.234 600
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.214 Å / Origin y: 74.772 Å / Origin z: 3.411 Å
111213212223313233
T0.0561 Å20.0118 Å2-0.0316 Å2-0.0364 Å20.0168 Å2--0.1001 Å2
L2.2666 °20.4975 °2-0.1177 °2-1.7233 °2-0.1274 °2--2.3035 °2
S-0.0093 Å °0.0695 Å °0.0278 Å °-0.158 Å °-0.0099 Å °0.0391 Å °0.0657 Å °0.0144 Å °0.0193 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2152 - 216
2X-RAY DIFFRACTION1AC10021 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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