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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u8j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HIV-1 Cross Neutralizing Monoclonal Antibody 2F5 in complex with gp41 Peptide ELDKWAG | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fab complex / HIV-1 Neutralization / gp41 Peptide | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Bryson, S. / Julien, J.-P. / Hynes, R.C. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009 タイトル: Crystallographic definition of the epitope promiscuity of the broadly neutralizing anti-human immunodeficiency virus type 1 antibody 2F5: vaccine design implications 著者: Bryson, S. / Julien, J.-P. / Hynes, R.C. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u8j.cif.gz | 97.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u8j.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/1u8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/1u8j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1u8hC 1u8iC 1u8lC 1u8mC 1u8nC 1u8oC 1u8pC 1u8qC 1u91C 1u92C 1u93C 1u95C 2f5aC 2f5bC 2pw1C 2pw2C 3idgC 3idiC 3idjC 3idmC 3idnC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24969.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 818.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: sodium citrate, ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→80 Å / Num. all: 32826 / Num. obs: 29170 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rsym value: 0.136 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.38 Å / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→80 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 833546.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4517 Å2 / ksol: 0.380137 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→80 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.24→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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