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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u6v | ||||||
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タイトル | NMR structure of a V3 (IIIB isolate) peptide bound to 447-52D, a human HIV-1 neutralizing antibody | ||||||
要素 | V3 peptide | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Beta hairpin (Βヘアピン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Rosen, O. / Chill, J. / Sharon, M. / Kessler, N. / Mester, B. / Zolla-Pazner, S. / Anglister, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Induced fit in HIV-neutralizing antibody complexes: evidence for alternative conformations of the gp120 V3 loop and the molecular basis for broad neutralization. 著者: Rosen, O. / Chill, J. / Sharon, M. / Kessler, N. / Mester, B. / Zolla-Pazner, S. / Anglister, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u6v.cif.gz | 144.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u6v.ent.gz | 101.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1860.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: IIIB isolate / プラスミド: pM4-V3IIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P03377*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 10mM acetic acid / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 305 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structure is based on 370 restraints, 21 dihedral angles and 5 hydrogen bonds | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30 |