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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tkw | ||||||
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タイトル | The transient complex of poplar plastocyanin with turnip cytochrome f determined with paramagnetic NMR | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Electron transfer (電子移動反応) / paramagnetic (常磁性) / rigid body calculations | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Populus nigra (クロヤマナラシ) Brassica rapa subsp. rapa (カブラ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Rigid body docking using intermolecular pseudocontact shifts restraints, chemical shift perturbation restraints, electrostatic restraints. | ||||||
データ登録者 | Lange, C. / Cornvik, T. / Diaz-Moreno, I. / Ubbink, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005 タイトル: The transient complex of poplar plastocyanin with cytochrome f: effects of ionic strength and pH 著者: Lange, C. / Cornvik, T. / Diaz-Moreno, I. / Ubbink, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tkw.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tkw.ent.gz | 922.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tkw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/1tkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/1tkw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10493.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Populus nigra (クロヤマナラシ) 遺伝子: PETE / プラスミド: pETPC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00299 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27545.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brassica rapa subsp. rapa (カブラ) 生物種: Brassica rapaブラッシカ・ラパ / 株: subsp. rapa / 遺伝子: PETA / プラスミド: pTC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli 発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌) 株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P36438 |
#3: 化合物 | ChemComp-CU / |
#4: 化合物 | ChemComp-HEC / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using the XRD structures of plastocyanin and cytochrome f, docked on the basis of intermolecular pseudocontact shifts and chemical shift perturbations due to binding. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Rigid body docking using intermolecular pseudocontact shifts restraints, chemical shift perturbation restraints, electrostatic restraints. ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on 38 chemical shift perturbation restraints, 42 pseudocontact shifts restraints, 42 pseudocontact angle restraints, 120 minimal distance restraints and 4 ...詳細: The structures are based on 38 chemical shift perturbation restraints, 42 pseudocontact shifts restraints, 42 pseudocontact angle restraints, 120 minimal distance restraints and 4 electrostatic restraints. Backbone RMSD (in Angstrom) with the mean for each model: 1: 1.28, 2: 2.26, 3: 1.29, 4: 3.12, 5: 1.52, 6: 1.49, 7: 3.68, 8: 2.68, 9: 1.58, 10: 3.43, average=2.23+/-0.88 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 104 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |