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- PDB-1tbr: CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tbr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN
要素
  • (THROMBINトロンビン) x 2
  • RHODNIIN
キーワードCOMPLEX (SERINE PROTEASE/INHIBITOR) / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / KAZAL-TYPE INHIBITOR / THROMBIN (トロンビン) / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fibrinogen binding / トロンビン / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 凝固・線溶系 / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity ...fibrinogen binding / トロンビン / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 凝固・線溶系 / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine protease inhibitor Kazal-type 4-like / Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain ...Serine protease inhibitor Kazal-type 4-like / Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Few Secondary Structures / イレギュラー / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
トロンビン / Thrombin inhibitor rhodniin
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Van De Locht, A. / Lamba, D. / Bode, W.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: Two heads are better than one: crystal structure of the insect derived double domain Kazal inhibitor rhodniin in complex with thrombin.
著者: van de Locht, A. / Lamba, D. / Bauer, M. / Huber, R. / Friedrich, T. / Kroger, B. / Hoffken, W. / Bode, W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: A Kazal-Type Inhibitor with Thrombin Specificity from Rhodnius Prolixus
著者: Friedrich, T. / Kroger, B. / Bialojan, S. / Lemaire, H.G. / Hoffken, H.W. / Reuschenbach, P. / Otte, M. / Dodt, J.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992
タイトル: The Refined 1.9-A X-Ray Crystal Structure of D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone-Inhibited Human Alpha-Thrombin: Structure Analysis, Overall Structure, Electrostatic Properties, Detailed ...タイトル: The Refined 1.9-A X-Ray Crystal Structure of D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone-Inhibited Human Alpha-Thrombin: Structure Analysis, Overall Structure, Electrostatic Properties, Detailed Active-Site Geometry, and Structure-Function Relationships
著者: Bode, W. / Turk, D. / Karshikov, A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Structure of the Hirudin-Thrombin Complex
著者: Rydel, T.J. / Tulinsky, A. / Bode, W. / Huber, R.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of the Thrombin-Hirudin Complex: A Novel Mode of Serine Protease Inhibition
著者: Grutter, M.G. / Priestle, J.P. / Rahuel, J. / Grossenbacher, H. / Bode, W. / Hofsteenge, J. / Stone, S.R.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: The Structure of a Complex of Recombinant Hirudin and Human Alpha-Thrombin
著者: Rydel, T.J. / Ravichandran, K.G. / Tulinsky, A. / Bode, W. / Huber, R. / Roitsch, C. / Fenton II, J.W.
#6: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: The Refined 1.9 A Crystal Structure of Human Alpha-Thrombin: Interaction with D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone and Significance of the Tyr-Pro-Pro-Trp Insertion Segment
著者: Bode, W. / Mayr, I. / Baumann, U. / Huber, R. / Stone, S.R. / Hofsteenge, J.
履歴
登録1995年3月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: THROMBIN
H: THROMBIN
J: THROMBIN
K: THROMBIN
R: RHODNIIN
S: RHODNIIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1986
ポリマ－93,1986
非ポリマー00
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: THROMBIN
H: THROMBIN
R: RHODNIIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5993
ポリマ－46,5993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
3
J: THROMBIN
K: THROMBIN
S: RHODNIIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5993
ポリマ－46,5993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.735, 112.297, 92.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THIS ENTRY CONTAINS TWO THROMBIN MOLECULES AND TWO RHODNIIN MOLECULES. THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN IDENTIFIERS *L* AND *J* ARE USED FOR RESIDUES 1U - 15 OF THROMBIN AND CHAIN IDENTIFIERS *H* AND *K* ARE USED FOR RESIDUES 16 - 247 OF THROMBIN. CHAIN IDENTIFIERS *R* AND *S* ARE USED FOR RHODNIIN.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド THROMBIN / トロンビン


分子量: 5735.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PLASMA / 参照: UniProt: P00735, トロンビン
#2: タンパク質 THROMBIN / トロンビン


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PLASMA / 参照: UniProt: P00735, トロンビン
#3: タンパク質 RHODNIIN


分子量: 11091.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 遺伝子: PRPTI / 器官: PLASMA / プラスミド: PR2C / 遺伝子 (発現宿主): PRPTI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06684
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHYMOTRYPSINOGEN NUMBERING (RATHER THAN SEQUENTIAL) SYSTEM IS USED, BASED ON THE TOPOLOGICAL ...CHYMOTRYPSINOGEN NUMBERING (RATHER THAN SEQUENTIAL) SYSTEM IS USED, BASED ON THE TOPOLOGICAL ALIGNMENT WITH THE STRUCTURE OF CHYMOTRYPSINOGEN (H.BRANDSTETTER ET AL., 1992, J.MOL.BIOL., V. 226, 1085).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %PEG40001reservoir
2300 mMphosphate1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年1月10日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→999 Å / Num. obs: 33844 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射
*PLUS
% possible obs: 94.5 % / Num. measured all: 89438 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.66 Å / % possible obs: 78.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2
詳細: AN OCCUPANCY OF 0.0 SIGNIFIES AN ATOM THAT WAS NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 -10 %
Rwork0.189 --
obs0.189 30087 91.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 38.88 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6530 0 0 203 6733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.64 Å / Rfactor Rfree: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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