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- PDB-1t66: The structure of FAB with intermediate affinity for fluorescein. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t66
タイトルThe structure of FAB with intermediate affinity for fluorescein.
要素
  • immunoglobulin heavy chain免疫グロブリン重鎖
  • immunoglobulin light chain免疫グロブリン軽鎖
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Fab / Fluorescein (フルオレセイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / : / Kappa light chain C_region / Ighg protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Terzyan, S. / Ramsland, P.A. / Voss Jr., E.W. / Herron, J.N. / Edmundson, A.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional Structures of Idiotypically Related Fabs with Intermediate and High Affinity for Fluorescein.
著者: Terzyan, S. / Ramsland, P.A. / Voss Jr., E.W. / Herron, J.N. / Edmundson, A.B.
履歴
登録2004年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 900SEQUENCE THE SEQUENCE REFERENCES ARE: E. A. KABAT, T. T. WU, M. REID-MILLER, H. M. PERRY, K. S. ...SEQUENCE THE SEQUENCE REFERENCES ARE: E. A. KABAT, T. T. WU, M. REID-MILLER, H. M. PERRY, K. S. GOTTESMAN, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, U.S. PHS. W. D. BEDZYK, L. S. JOHNSON, G. S. RIORDAN, E. W. VOSS JR. (1989), COMPARISON OF VARIABLE REGION PRIMARY STRUCTURES WITHIN AN ANTI-FLUORESCINE IDIOTYPE FAMILY, J. BIOL. CHEM. V. 264, 1565-1569.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: immunoglobulin light chain
H: immunoglobulin heavy chain
C: immunoglobulin light chain
D: immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0546
ポリマ－96,3904
非ポリマー6652
水3,225179
1
L: immunoglobulin light chain
H: immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5273
ポリマ－48,1952
非ポリマー3321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
2
C: immunoglobulin light chain
D: immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5273
ポリマ－48,1952
非ポリマー3321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.640, 117.120, 154.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin light chain / 免疫グロブリン軽鎖


分子量: 24167.814 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: LYMPHOCYTE-PLASMA CELL / 細胞株: 9-40 murine-murine hybridoma / 器官: spleen / Variant: BALB/CV / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 18044164, UniProt: Q65ZC0*PLUS
#2: 抗体 immunoglobulin heavy chain / 免疫グロブリン重鎖


分子量: 24027.107 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: LYMPHOCYTE-PLASMA CELL / 細胞株: 9-40 murine-murine hybridoma / 器官: spleen / Variant: BALB/CV / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q91Z05*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-FLU / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / FLUORESCEIN / 2-(3-オキソ-6-ヒドロキシ-3H-キサンテン-9-イル)安息香酸 / フルオレセイン


分子量: 332.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 286 K / pH: 6.2
詳細: ammonium sulphate, sodium phosphate, pH 6.2, batch, temperature 286K, pH 6.20

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC MAXFLUX
放射モノクロメーター: OSMIC MAXFLUX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.1 Å / Num. obs: 49354 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FLR

1flr


解像度: 2.3→47 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC OVERALL B-FACTOR / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2299 4.5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 46008 91 %-
all-49354 --
溶媒の処理溶媒モデル: CNSL / Bsol: 42.59 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.459 Å20 Å20 Å2
2--21.398 Å20 Å2
3----15.939 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6776 0 50 179 7005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
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X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
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X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8432.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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