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万見
- PDB-1t2j: Crystal structure of a Human VH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t2j
タイトルCrystal structure of a Human VH domain
要素M12-Variable Heavy domain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / beta-sandwich / Immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 単鎖可変領域フラグメント
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gaur, R.K. / Fischer, R. / Hoffmann, K.M.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a human VH domain at 1.5 angstrom
著者: Gaur, R.K. / Fischer, R. / Hoffmann, K.M.V.
履歴
登録2004年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS STATE THIS SEQUENCE HAS NOT BEEN DEPOSITED TO A SEQUENCE DATABASE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M12-Variable Heavy domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4762
ポリマ－12,3701
非ポリマー1061
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.336, 37.965, 37.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-225-

HOH

21A-273-

HOH

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要素

#1: 抗体 M12-Variable Heavy domain


分子量: 12369.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSyn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: Q9HCC1
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals grew from 3 microlitre hangingdrop formed by mixing 1.5 microlitre of protein:subtilisin mixture (250:1 M ratio) at protein conc. 13.5 mg/ml with 1.5 microlitre of reservoir solution ...詳細: Crystals grew from 3 microlitre hangingdrop formed by mixing 1.5 microlitre of protein:subtilisin mixture (250:1 M ratio) at protein conc. 13.5 mg/ml with 1.5 microlitre of reservoir solution 100mM MES, pH6.5, 10mM ZnSO4, 25% v/v PEG550MME, 4mM DTT and 0.04% v/v NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.802 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月5日 / 詳細: Rh coated mirror
放射モノクロメーター: Triangular Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→34.922 Å / Num. obs: 15017 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.29 % / Biso Wilson estimate: 16.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 27.69
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 7.26 / Num. unique all: 696 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HOU

1hou


解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.218 / SU ML: 0.046 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: used weighted full matrix least square procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19652 762 5 %RANDOM
Rwork0.15787 ---
all0.1763 15144 --
obs0.15979 14358 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.603 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å2-0.54 Å2
2--1.87 Å20 Å2
3----1.48 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.153 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数877 0 0 146 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7351.9221198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6515115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9243564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2294901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5044325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8974297
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 56 -
Rwork0.197 1022 -
obs-762 92.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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