+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1st3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS LENTUS ALKALINE PROTEASE, SUBTILISIN BL, AT 1.4 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | SUBTILISIN BL | ||||||
キーワード | SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 サブチリシン / sporulation resulting in formation of a cellular spore / serine-type endopeptidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus lentus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Goddette, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: The crystal structure of the Bacillus lentus alkaline protease, subtilisin BL, at 1.4 A resolution. 著者: Goddette, D.W. / Paech, C. / Yang, S.S. / Mielenz, J.R. / Bystroff, C. / Wilke, M.E. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1st3.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1st3.ent.gz | 45 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1st3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1st3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1st3 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: NO SIGNIFICANT DENSITY WAS OBSERVED FOR RESIDUES ARG 99 AND ARG 269. 2: RESIDUE PRO 162 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26830.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus lentus (バクテリア) / 参照: UniProt: P29599, サブチリシン | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.36 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 49154 / % possible obs: 92.7 % / Num. measured all: 171751 / Rmerge F obs: 0.0912 |
---|---|
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.36 Å / 最低解像度: 1.45 Å |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.4→15.6 Å / Rfactor Rwork: 0.19 / Rfactor obs: 0.19 / σ(F): 2 詳細: NO SIGNIFICANT DENSITY WAS OBSERVED FOR RESIDUES ARG 99 AND ARG 269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→15.6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 15.6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.56 |