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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1srv | ||||||
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タイトル | THERMUS THERMOPHILUS GROEL (HSP60 CLASS) FRAGMENT (APICAL DOMAIN) COMPRISING RESIDUES 192-336 | ||||||
要素 | PROTEIN (GROEL (HSP60 CLASS)) | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / HSP60 / GROEL / CELL DIVISION (細胞分裂) / ATP-BINDING / PHOSPHORYLATION (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Walsh, M.A. / Dementieva, I. / Evans, G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Taking MAD to the extreme: ultrafast protein structure determination. 著者: Walsh, M.A. / Dementieva, I. / Evans, G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: A structural model for GroEL-polypeptide recognition. 著者: Buckle, A.M. / Zahn, R. / Fersht, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1srv.cif.gz | 41.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1srv.ent.gz | 29.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1srv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1srv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1srv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15754.218 Da / 分子数: 1 / 断片: APICAL DOMAIN, RESIDUES 191 - 376 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61491 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: MAD DATA WERE COLLECTED AT THE STRUCTURAL BIOLOGY CENTER'S UNDULATOR BEAMLINE 19ID AT THE APS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 15546 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CCP4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 15676 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 41.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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