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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sot | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the DegS stress sensor | ||||||
要素 | Protease degS | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / stress response (闘争・逃走反応) / protein quality control / PDZ / UPR / HtrA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / peptidase Do / cellular response to misfolded protein / serine-type peptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wilken, C. / Kitzing, K. / Kurzbauer, R. / Ehrmann, M. / Clausen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the DegS stress sensor: How a PDZ domain recognizes misfolded protein and activates a protease 著者: Wilken, C. / Kitzing, K. / Kurzbauer, R. / Ehrmann, M. / Clausen, T. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003 タイトル: OMP peptide signals initiate the envelope stress response by activating DegS protease via relief of inhibition mediated by its PDZ domain 著者: Walsh, N.P. / Alba, B.M. / Bose, B. / Gross, C.A. / Sauer, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sot.cif.gz | 177.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sot.ent.gz | 140.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1sot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1sot | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34353.898 Da / 分子数: 3 / 断片: protease plus PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: DEGS, HHOB, HTRH, B3235, Z4594, ECS4108 / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P31137, UniProt: P0AEE3*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 6000, MPD, magnesium chloride, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 51588 / Num. obs: 51588 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.93 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.205 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1KY9 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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