[日本語] English
万見
- PDB-1skm: HhaI methyltransferase in complex with DNA containing an abasic s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1skm
タイトルHhaI methyltransferase in complex with DNA containing an abasic south carbocyclic sugar at its target site
要素
  • 5'-D(*T*GP*TP*CP*AP*GP*(HCX)P*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'
  • Modification methylase HhaI
キーワードTRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX Containing Constrained Abasic Unnatural base / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 ...DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Type II methyltransferase M.HhaI
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus haemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ratner, G. / Banavali, N. / Huang, N. / Marquez, V.E. / MacKerell, A.D. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Caught in the act: visualization of an intermediate in the DNA base-flipping pathway induced by HhaI methyltransferase
著者: Horton, J.R. / Ratner, G. / Banavali, N.K. / Huang, N. / Choi, Y. / Maier, M.A. / Marquez, V.E. / MacKerell, A.D. / Cheng, X.
履歴
登録2004年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*T*GP*TP*CP*AP*GP*(HCX)P*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
A: Modification methylase HhaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2474
ポリマ－44,8623
非ポリマー3841
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.681, 95.681, 315.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'


分子量: 3927.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*T*GP*TP*CP*AP*GP*(HCX)P*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3892.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Modification methylase HhaI / Cytosine-specific methyltransferase HhaI / M.HhaI


分子量: 37042.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus haemolyticus (バクテリア)
遺伝子: HHAIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P05102, DNAメチルトランスフェラーゼ
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 6000, sodium cacodylate, magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2sodium cacodylate11
3magnesium acetate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→24.53 Å / Num. all: 24477 / Num. obs: 23477 / % possible obs: 81.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.179 / Num. unique all: 689 / % possible all: 36.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CAD4データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
CNS精密化
CAD4データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→24.53 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1134 -random
Rwork0.183 ---
obs0.183 23477 81.9 %-
all-23477 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å21.85 Å2-2.58 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-25 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2591 499 26 257 3373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONBond Lengths0.007
X-RAY DIFFRACTIONBond Angles1.2
X-RAY DIFFRACTIONDIHEDRAL ANGLES22.4
X-RAY DIFFRACTIONIMPROPER ANGLES1.6
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.065
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 22 -
Rwork0.261 --
obs--34 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る