+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1skf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES K15 DD-TRANSPEPTIDASE | ||||||
![]() | D-ALANYL-D-ALANINE TRANSPEPTIDASE | ||||||
![]() | PENICILLIN-BINDING / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fonze, E. / Charlier, P. | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of a penicilloyl-serine transferase of intermediate penicillin sensitivity. The DD-transpeptidase of streptomyces K15. Authors: Fonze, E. / Vermeire, M. / Nguyen-Disteche, M. / Brasseur, R. / Charlier, P. #1: ![]() Title: Crystallization and X-Ray Diffraction Study of the Streptomyces K15 Penicillin-Binding Dd-Transpeptidase Authors: Englebert, S. / Charlier, P. / Fonze, E. / To'Th, Y. / Vermeire, M. / Van Beeumen, J. / Grandchamps, J. / Hoffmann, K. / Leyh-Bouille, M. / Nguyen-Disteche, M. / Ghuysen, J.-M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 62.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 46 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 27508.318 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P39042, ![]() |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow![]() | pH: 7.2 / Details: pH 7.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 7.2 / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Radiation | Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.75→38.4 Å / Num. obs: 23085 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.75 Å / Lowest resolution: 38.4 Å / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Software | *PLUS Version: 3.851 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Rfactor obs: 0.186 / Rfactor Rfree![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.245 |