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- PDB-1rhg: THE STRUCTURE OF GRANULOCYTE-COLONY-STIMULATING FACTOR AND ITS RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rhg
タイトルTHE STRUCTURE OF GRANULOCYTE-COLONY-STIMULATING FACTOR AND ITS RELATIONSHIP TO THOSE OF OTHER GROWTH FACTORS
要素GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR顆粒球コロニー刺激因子
キーワードGROWTH FACTOR (成長因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) ...granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / cytokine activity / growth factor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to ethanol / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 免疫応答 / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
GCSF/MGF / 顆粒球コロニー刺激因子 / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
顆粒球コロニー刺激因子
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hill, C.P. / Osslund, T.D. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: The structure of granulocyte-colony-stimulating factor and its relationship to other growth factors.
著者: Hill, C.P. / Osslund, T.D. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Towards Automated Crystallization
著者: Osslund, T.D. / Luthy, R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Folding and Oxidation of Recombinant Human Granulocyte Colony Stimulating Factor Produced in Escherichia Coli. Characterization of the Disulfide-Reduced Intermediates and Cysteine-Serine Analogs
著者: Lu, H.S. / Clogston, C.L. / Narhi, L.O. / Merewether, L.A. / Pearl, W.R. / Boone, T.C.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: Recombinant Human Granulocyte Colony-Stimulating Factor: Effects on Normal and Leukemic Myeloid Cells
著者: Souza, L.M. / Boone, T.C. / Gabrilove, J. / Lai, P.H. / Zsebo, K.M. / Murdock, D.C. / Chazin, V.R. / Bruszewski, J. / Lu, H. / Chen, K.C. / Barendt, J. / Platzer, E. / Moore, M.A.S. / Mertelsmann, R. / Welte, K.
履歴
登録1993年1月29日-
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR
B: GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR
C: GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0573
ポリマ－56,0573
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.900, 110.700, 49.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.837465, 0.162405, 0.521802), (-0.294485, -0.670224, 0.681233), (0.46036, -0.724171, -0.513463)0.389, 83.496, 8.978
2given(-0.763481, 0.140255, 0.630416), (0.120204, -0.928217, 0.352085), (0.634545, 0.344589, 0.691817)69.62, 101.215, -46.857
3given(-0.382797, 0.549495, 0.742645), (-0.664126, 0.395119, -0.634679), (-0.642186, -0.736163, 0.213684)27.059, 39.814, 76.862

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要素

#1: タンパク質 GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR / 顆粒球コロニー刺激因子


分子量: 18685.564 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09919
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 %(w/v)PEG80001reservoir
2380 mM1reservoirMgSO4
3220 mM1reservoirLiCl

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 10735 / % possible obs: 93.3 % / Num. measured all: 50868 / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.215 / Rfactor obs: 0.215 / 最高解像度: 2.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 0 0 120 4114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.354
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rfree: 0.344
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.354
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.805
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.437
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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