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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rev | ||||||
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タイトル | HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE | ||||||
要素 | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE逆転写酵素) x 2 | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / AIDS (後天性免疫不全症候群) / POLYPROTEIN (タンパク質分解) / HYDROLASE (加水分解酵素) / ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / ウイルスのライフサイクル / : / : / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J. / Esnouf, R. / Hopkins, A. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The structure of HIV-1 reverse transcriptase complexed with 9-chloro-TIBO: lessons for inhibitor design. 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Hopkins, A. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R. / Ren, J. / Ross, C. / Jones, Y. / Stammers, D. / Stuart, D. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: High Resolution Structures of HIV-1 RT from Four RT-Inhibitor Complexes 著者: Ren, J. / Esnouf, R. / Garman, E. / Somers, D. / Ross, C. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, Y. / Stuart, D. / al., et #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 A Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J.S. / Esnouf, R.M. / Garman, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rev.cif.gz | 205.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rev.ent.gz | 163.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1rev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1rev | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64594.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: HXB2 ISOLATE / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: HXB2 ISOLATE / 細胞株: 293 / 遺伝子: HIV-1 POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-TB9 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 27108 / % possible obs: 80.7 % / 冗長度: 3.14 % / Rmerge(I) obs: 0.124 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 85252 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→25 Å / σ(F): 0 詳細: DUE TO THE LOW RATIO BETWEEN THE NUMBER OF REFLECTIONS AND THE NUMBER OF PARAMETERS TO BE REFINED, ATOMS DISTANT FROM THE NNI-BINDING SITE (DEFINED AS ATOMS MORE THAN 25 ANGSTROMS FROM THE CA ...詳細: DUE TO THE LOW RATIO BETWEEN THE NUMBER OF REFLECTIONS AND THE NUMBER OF PARAMETERS TO BE REFINED, ATOMS DISTANT FROM THE NNI-BINDING SITE (DEFINED AS ATOMS MORE THAN 25 ANGSTROMS FROM THE CA ATOM OF TYR 188) WERE TIGHTLY RESTRAINED TO THEIR POSITION IN THE NINE-DOMAIN RIGID-BODY REFINED MODEL OF RT-NEVIRAPINE COMPLEX, AND STRONG STEREOCHEMICAL RESTRAINTS WERE EMPLOYED IN THE REFINEMENT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 66.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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