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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qzz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aclacinomycin-10-hydroxylase (RdmB) in complex with S-adenosyl-L-methionine (SAM) | ||||||
要素 | aclacinomycin-10-hydroxylase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TRANSFERASE (転移酵素) / Anthracycline (アントラサイクリン) / hydroxylase (ヒドロキシル化) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / polyketide (ポリケチド) / Streptomyces (ストレプトマイセス属) / tailoring enzymes / Structural Proteomics in Europe (構造ゲノミクス) / SPINE / Structural Genomics (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / O-methyltransferase activity / carboxy-lyase activity / antibiotic biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces purpurascens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Jansson, A. / Niemi, J. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Schneider, G. / Structural Proteomics in Europe (SPINE) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of Aclacinomycin-10-Hydroxylase, a S-Adenosyl-L-Methionine-dependent Methyltransferase Homolog Involved in Anthracycline Biosynthesis in Streptomyces purpurascens. 著者: Jansson, A. / Niemi, J. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Schneider, G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of aclacinomycin-10-methylesterase and aclacinomycin-10-hydroxylase from Streptomyces purpurascens 著者: Jansson, A. / Niemi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qzz.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qzz.ent.gz | 63.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/1qzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/1qzz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39837.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces purpurascens (バクテリア) 遺伝子: rdmb / プラスミド: pRDM16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL2-blue / 参照: UniProt: Q54527 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG4000, Ammonium acetate, Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 19452 / Num. obs: 19452 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11.3 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 92.5 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 67648 / Rmerge(I) obs: 0.095 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 92.5 % / Rmerge(I) obs: 0.355 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å Isotropic thermal model: Individual isotropic B-factors for each atom 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Maximum likelihood 詳細: Riding hydrogens; THE OCCUPANCY IS PUT TO ZERO ON THE SIDECHAINS OF GLN15, ASP57, LYS84, GLU219, ARG298, ARG319
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 9 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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