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- PDB-1qoh: A MUTANT SHIGA-LIKE TOXIN IIE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qoh
タイトルA MUTANT SHIGA-LIKE TOXIN IIE
要素SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
キーワードTOXIN (毒素) / RECEPTOR BINDING (受容体) / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis by symbiont of host erythrocytes / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Pannu, N.S. / Boodhoo, A. / Armstrong, G.D. / Clark, C.G. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: A Mutant Shiga-Like Toxin Iie Bound to its Receptor Gb(3): Structure of a Group II Shiga-Like Toxin with Altered Binding Specificity
著者: Ling, H. / Pannu, N.S. / Boodhoo, A. / Armstrong, G.D. / Clark, C.G. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure of the Shiga-Like Toxin I B-Pentamer Complexed with an Analogue of its Receptor Gb3
著者: Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Cell-Binding B Oligomer of Verotoxin-1 from E. Coli
著者: Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
履歴
登録1999年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
B: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
C: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
D: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
E: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
F: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
G: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
H: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
I: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
J: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
K: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
L: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
M: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
N: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
O: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
P: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
Q: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
R: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
S: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
T: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,80820
ポリマ－151,80820
非ポリマー00
水6,467359
1
A: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
B: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
C: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
D: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
E: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9525
ポリマ－37,9525
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
F: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
G: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
H: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
I: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
J: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9525
ポリマ－37,9525
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
K: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
L: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
M: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
N: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
O: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9525
ポリマ－37,9525
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
P: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
Q: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
R: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
S: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT
T: SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9525
ポリマ－37,9525
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.490, 54.510, 116.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.891855, -0.143341, -0.429008), (-0.356383, 0.361382, -0.861623), (0.278542, 0.921334, 0.271216)21.95, 44.642, 38.372
2given(0.69855, -0.5378, -0.472015), (-0.714894, -0.552994, -0.42793), (-0.030881, 0.636372, -0.770764)24.809, 21.256, 90.41
3given(0.694573, -0.718995, 0.024766), (-0.549575, -0.508064, 0.663203), (-0.464257, -0.474254, -0.74803)-1.544, -34.976, 88.495
4given(0.892932, -0.347393, 0.286339), (-0.119153, 0.430988, 0.894456), (-0.434137, -0.832807, 0.34345)-14.6, -46.137, 32.788
5given(-0.997623, -0.062974, 0.027978), (0.065356, -0.993381, 0.094461), (0.021845, 0.096065, 0.995135)-2.213, 3.775, 55.151
6given(-0.8466, 0.135203, 0.514771), (0.460131, -0.300157, 0.835574), (0.267484, 0.944259, 0.191902)-27.383, -34.162, 97.2
7given(-0.655464, 0.592168, 0.468726), (0.752334, 0.566246, 0.336688), (-0.066038, 0.573325, -0.816662)-24.839, -8.106, 147.526
8given(-0.66695, 0.739868, -0.088163), (0.551943, 0.411093, -0.725507), (-0.500537, -0.532538, -0.682544)4.378, 46.847, 139.91299
9given(-0.889526, 0.309404, -0.336174), (0.136309, -0.522566, -0.841632), (-0.436077, -0.794477, 0.422662)16.559, 52.059, 83.639
10given(0.716742, -0.34381, -0.606692), (-0.489311, 0.371915, -0.788831), (0.496846, 0.862249, 0.098337)51.344, 43.938, -2.906
11given(0.603996, -0.773219, -0.193185), (-0.775711, -0.514706, -0.36517), (0.182923, 0.370417, -0.910675)29.323, 22.183, 48.716
12given(0.782555, -0.55553, 0.281057), (-0.580003, -0.486442, 0.65343), (-0.226282, -0.674359, -0.702877)5.677, -29.525, 37.138
13given(0.693999, -0.71954, 0.02506), (-0.549709, -0.507075, 0.663848), (-0.464958, -0.474486, -0.747447)-1.563, -35.022, 88.448
14given(0.934071, 0.063263, -0.351439), (-0.082625, 0.995763, -0.040356), (0.347397, 0.066732, 0.93534)39.374, 6.572, -46.015
15given(-0.969898, 0.100379, -0.221861), (0.137855, -0.5247, -0.840051), (-0.200734, -0.845348, 0.495068)29.45, 48.705, 30.126
16given(-0.93002, -0.045826, 0.364639), (0.076547, -0.994589, 0.07024), (0.359447, 0.093237, 0.928496)-2.3, 2.579, 9.678
17given(-0.739657, 0.379334, 0.555889), (0.457691, -0.322027, 0.828745), (0.493383, 0.867412, 0.064572)-10.804, -36.122, 53.991
18given(-0.649727, 0.737201, 0.185443), (0.745075, 0.569219, 0.347638), (0.150721, 0.364039, -0.919108)8.614, -11.221, 103.965
19given(-0.804043, 0.545985, -0.235405), (0.530476, 0.479929, -0.698758), (-0.268534, -0.686708, -0.675515)29.587, 42.121, 90.731
20given(0.891855, -0.143341, -0.429008), (-0.356383, 0.361382, -0.861623), (0.278542, 0.921334, 0.271216)21.95, 44.642, 38.372
詳細THERE ARE FOUR PENTAMERS PER ASYMMETRIC UNIT

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要素

#1: タンパク質
SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT / VEROCYTOTOXIN


分子量: 7590.411 Da / 分子数: 20 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COMPLEXED WITH PK-MCO, AN ANALOGUE OF GB3 (GLOBOTRIAOSYL CERAMIDE)
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47644
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 7.4
詳細: 8% PEG8000, 0.1M NACL, 0.1M IMIDAZOLE, PH=7.4, pH 7.40
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
28 %PEG80001reservoir
30.1 M1reservoirNaCl
40.1 Mimidazole1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年8月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20.36 Å / Num. obs: 34188 / % possible obs: 60.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.83 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0844 / Rsym value: 0.0844 / Net I/σ(I): 8.415
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 1.66 % / Rmerge(I) obs: 0.3296 / Mean I/σ(I) obs: 0.968 / Rsym value: 0.3296 / % possible all: 24.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 62524
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 24.85 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BOV AND 2BOS

1bov
PDB 未公開エントリ

2bos


解像度: 2.35→21 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1888964.51 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1055 3.1 %SHELLS
Rwork0.188 ---
obs0.188 34187 60.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.9572 Å2 / ksol: 0.296191 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.87 Å20 Å24.49 Å2
2--4.65 Å20 Å2
3----1.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10660 0 0 359 11019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.752.5
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 3.155 Å2 / Rms dev position: 0.153 Å / Weight Biso : 3.5 / Weight position: 0.21
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree1 1 0 %
Rwork0.397 2567 -
obs--27.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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