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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qkx | ||||||
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タイトル | Alpha-spectrin Src Homology 3 domain, N47A mutant in the distal loop. | ||||||
要素 | SPECTRIN ALPHA CHAIN | ||||||
キーワード | CYTOSKELETON (細胞骨格) / MEMBRANE (生体膜) / SH3 DOMAIN (SH3ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / 細胞結合 / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vega, M.C. / Martinez, J. / Serrano, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Thermodynamic and structural characterization of Asn and Ala residues in the disallowed II' region of the Ramachandran plot. 著者: Vega, M.C. / Martinez, J.C. / Serrano, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qkx.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qkx.ent.gz | 16.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7170.111 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN RESIDUES 964-1025 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 株: BL-21/D3 / 組織: MUSCLE骨格筋 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % |
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結晶化 | pH: 6 詳細: DROP CONTAINS 1.1 M AMM.SULPH., 90MM CITRIC BUFFERPH=6.0, 90MM BIS-TRIS PROPANE, 0.9MM EDTA AND 0.9MM DTT., pH 6.00 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 1999年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 6033 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 92 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SHG 解像度: 1.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 3485 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.18 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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