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万見
- PDB-1q4b: S65T Q80R Green Fluorescent Protein (GFP) pH 5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q4b
タイトルS65T Q80R Green Fluorescent Protein (GFP) pH 5.5
要素Green Fluorescent Protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / GFP / fluorophore / chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 ...Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Jain, R.K. / Ranganathan, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Local complexity of amino acid interactions in a protein core.
著者: Jain, R.K. / Ranganathan, R.
履歴
登録2003年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green Fluorescent Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9451
ポリマ－26,9451
非ポリマー00
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.035, 62.842, 69.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green Fluorescent Protein


分子量: 26945.383 Da / 分子数: 1 / 変異: Q80R, S65T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: pRSET-B (Invitrogen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE SER A 65 IS MUTATED TO THR A 65. THR A 65, TYR A 66 AND GLY A 67 ARE MODIFIED TO MAKE ...RESIDUE SER A 65 IS MUTATED TO THR A 65. THR A 65, TYR A 66 AND GLY A 67 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHORE (CRO A 66).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, BME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.5 / PH range high: 8.1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
122-26 %PEG40001reservoir
250 mM1reservoirMgCl2
310 mM2-mercaptoethanol1reservoir
450 mMHEPES1reservoirpH8.1-8.5
512-15 mg/mlprotein1drop
650 mMHEPES1droppH7.5

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.48→25 Å / Num. all: 32536 / Num. obs: 32536 / % possible obs: 86.2 %
反射
*PLUS
最低解像度: 22 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.4 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMA

1ema


解像度: 1.48→25 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 3245 -Random
Rwork0.216 ---
obs0.216 32536 86.2 %-
all-32536 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 0 0 224 2045
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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