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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q2c | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Tetrahymena GCN5 With Bound Coenzyme A and a 19-residue Histone H4 Peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / Tetrahymena (テトラヒメナ) / GCN5 / Histone H4 (ヒストンH4) / X-ray structure / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3 acetyltransferase activity / ATAC complex / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Poux, A.N. / Marmorstein, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003 タイトル: Structural basis for histone and phosphohistone binding by the GCN5 histone acetyltransferase 著者: Clements, A. / Poux, A.N. / Lo, S. / Pillus, L. / Berger, S.L. / Marmorstein, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q2c.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q2c.ent.gz | 35.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q2c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19344.500 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 49-209, catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) プラスミド: PRSETA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 参照: UniProt: Q27198, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1872.191 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-19 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Ammonium sulfate, Tris-HCl, Magnesium Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9213 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9213 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27 Å / Num. all: 28910 / Num. obs: 23766 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.25 Å / % possible all: 94.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→27.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.1872 Å2 / ksol: 0.425026 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.37 Å / Luzzati sigma a free: 0.27 Å | |||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→27.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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