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- PDB-1pya: REFINED STRUCTURE OF THE PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pya
タイトルREFINED STRUCTURE OF THE PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE FROM LACTOBACILLUS 30A
要素(PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)) x 2
キーワードCARBOXY-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / L-histidine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas; Chain A / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas, subunit A / Histidine decarboxylase proenzyme / Histidine decarboxylase proenzyme, N-terminal / Histidine carboxylase PI chain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / 3-Layer(bba) Sandwich ...Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas; Chain A / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas, subunit A / Histidine decarboxylase proenzyme / Histidine decarboxylase proenzyme, N-terminal / Histidine carboxylase PI chain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / 3-Layer(bba) Sandwich / Few Secondary Structures / イレギュラー / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus sp. 30A (乳酸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gallagher, T. / Rozwarski, D.A. / Ernst, S.R. / Hackert, M.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined structure of the pyruvoyl-dependent histidine decarboxylase from Lactobacillus 30a.
著者: Gallagher, T. / Rozwarski, D.A. / Ernst, S.R. / Hackert, M.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase: Active Site Structure and Mechanistic Analysis
著者: Gallagher, T. / Snell, E.E. / Hackert, M.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Structure Determination of Histidine Decarboxylase from Lactobacillus 30A at 3.0 Angstroms Resolution
著者: Parks, E.H. / Ernst, S.R. / Hamlin, R. / Xuong, N.H. / Hackert, M.L.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983
タイトル: The Molecular Symmetry of Histidine Decarboxylase and Prohistidine Decarboxylase by Rotation Function Analysis
著者: Parks, E.H. / Clinger, K. / Hackert, M.L.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: Crystallization and Subunit Structure of Histidine Decarboxylase from Lactobacillus 30A
著者: Hackert, M.L. / Meador, W.E. / Oliver, R.M. / Salmon, J.B. / Rescei, P.A. / Snell, E.E.
履歴
登録1992年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
Remark 650HELIX ISOLATED TURNS OF A 3-10 HELIX OCCUR AT RESIDUES 98 - 102 AND 266 - 270.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)
B: PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)
C: PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)
D: PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)
E: PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)
F: PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4096
ポリマ－102,4096
非ポリマー00
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29310 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.700, 221.700, 107.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.47771, -0.503811, -0.7197), (0.515178, -0.502924, 0.694017), (-0.711608, -0.702312, 0.019301)113.89865, 110.27171, 156.94324
2given(0.47771, 0.515178, -0.711608), (-0.503811, -0.502924, -0.702312), (-0.7197, 0.694017, 0.019301)0.46197, 223.06477, 2.41324
詳細TWO TRIMERS RELATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY AXIS GENERATE THE HEXAMER. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 1* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS *A* AND *B* WHEN APPLIED TO CHAINS *C* AND *D*, RESPECTIVELY. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 2* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS *A* AND *B* WHEN APPLIED TO CHAINS *E* AND *F*, RESPECTIVELY.

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要素

#1: タンパク質 PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)


分子量: 8850.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. 30A (乳酸菌) / 株: 30a / 参照: UniProt: P00862, histidine decarboxylase
#2: タンパク質 PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE (L-HISTIDINE CARBOXYLASE)


分子量: 25285.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. 30A (乳酸菌) / 株: 30a / 参照: UniProt: P00862, histidine decarboxylase
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-15 mg/mlprotein1drop
20.20 Mammonium acetate1drop
345 %satammonium sulfate1reservoir
40.20 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.15 / Rfactor obs: 0.15 / 最高解像度: 2.5 Å
詳細: THE SEGMENT NUMBERS ARE AS FOLLOWS: (1,3,5 = BETA SUBUNITS) (2,4,6 = ALPHA SUBUNITS), (7,8,9 = PVL MOIETIES WITH 7-2 REPRESENTING THE PVL GROUP COVALENTLY ATTACHED TO THE BEGINNING OF AN ...詳細: THE SEGMENT NUMBERS ARE AS FOLLOWS: (1,3,5 = BETA SUBUNITS) (2,4,6 = ALPHA SUBUNITS), (7,8,9 = PVL MOIETIES WITH 7-2 REPRESENTING THE PVL GROUP COVALENTLY ATTACHED TO THE BEGINNING OF AN ALPHA SUBUNIT OR SEGMENT 2). THE SEGMENT NUMBERS FOR THE THREE *AB* SUBUNITS ARE: 1, 7 - 2; 3, 8 - 4; AND 5, 9 - 6.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8727 0 0 1413 10140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 39926 / Rfactor obs: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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