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Yorodumi- PDB-5jxp: Crystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in alternat... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jxp | ||||||
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Title | Crystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in alternate conformation | ||||||
Components | Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / peptidase / bacterial enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / cell surface / proteolysis / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Porphyromonas endodontalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Bezerra, G.A. / Cornaciu, I. / Hoffmann, G. / Djinovic-Carugo, K. / Marquez, J.A. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Bacterial protease uses distinct thermodynamic signatures for substrate recognition. Authors: Bezerra, G.A. / Ohara-Nemoto, Y. / Cornaciu, I. / Fedosyuk, S. / Hoffmann, G. / Round, A. / Marquez, J.A. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jxp.cif.gz | 273.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jxp.ent.gz | 228 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jxp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/5jxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/5jxp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5jwfC 5jwgC 5jwiC 5jxfC 5jxkC 5jy0C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 79749.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porphyromonas endodontalis (strain ATCC 35406 / BCRC 14492 / JCM 8526 / HG 370) (bacteria) Strain: ATCC 35406 / BCRC 14492 / JCM 8526 / HG 370 / Gene: dpp11, PeDPP11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: F8WQK8, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases | ||
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#2: Chemical | ChemComp-CA / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M Calcium acetate, 15% w/v PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.966 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 26, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.966 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→107.628 Å / Num. all: 33283 / Num. obs: 33283 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 43.09 Å2 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 7.375 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 102542 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→43.573 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.5 Å2 / Biso mean: 48.1321 Å2 / Biso min: 20.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→43.573 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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