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- PDB-1pir: SOLUTION STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC PHOSPHOLIPASE A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pir
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC PHOSPHOLIPASE A2
要素PHOSPHOLIPASE A2ホスホリパーゼA2
キーワードCARBOXYLIC ESTER HYDROLASE (カルボキシルエステラーゼ) / PHOSPHOLIPASE A2 (ホスホリパーゼA2) / PHOSPHATIDE-2-ACYL-HYDROLASE / PLA2 (ホスホリパーゼA2)
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process ...Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / neutrophil mediated immunity / ホスホリパーゼA2 / bile acid binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / 好中球 / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of MAP kinase activity / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of immune response / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / intracellular signal transduction / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A2, major isoenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR
データ登録者Van Den Berg, B.D. / Tessari, M. / De Haas, G.H. / Verheij, H.M. / Boelens, R. / Kaptein, R.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: Solution structure of porcine pancreatic phospholipase A2.
著者: van den Berg, B. / Tessari, M. / de Haas, G.H. / Verheij, H.M. / Boelens, R. / Kaptein, R.
履歴
登録1994年12月22日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0502
ポリマ－14,0101
非ポリマー401
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: GLN 4 - PHE 5 OMEGA = 149.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: GLY 33 - SER 34 OMEGA = 213.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: SER 34 - GLY 35 OMEGA = 143.57 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: GLY 35 - THR 36 OMEGA = 138.96 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: VAL 38 - ASP 39 OMEGA = 141.85 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: LEU 41 - ASP 42 OMEGA = 136.97 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: ASN 57 - LEU 58 OMEGA = 223.69 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
8: PHE 63 - LEU 64 OMEGA = 114.86 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: GLU 71 - SER 72 OMEGA = 213.52 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
10: CYS 77 - SER 78 OMEGA = 31.78 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION RESIDUE CYS 77 IS A CIS-PEPTIDE IN THE AVERAGED STRUCTURE.
11: ASN 79 - THR 80 OMEGA = 102.43 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
12: ASN 85 - SER 86 OMEGA = 219.82 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
13: SER 86 - LYS 87 OMEGA = 140.98 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
14: ASN 101 - ALA 102 OMEGA = 145.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
15: ALA 109 - PRO 110 OMEGA = 140.10 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
16: LYS 113 - GLU 114 OMEGA = 232.35 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
17: LYS 116 - ASN 117 OMEGA = 144.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
18: ASN 117 - LEU 118 OMEGA = 213.10 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
19: ASP 119 - THR 120 OMEGA = 226.20 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
20: THR 120 - LYS 121 OMEGA = 123.21 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2 / ホスホリパーゼA2


分子量: 14009.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00592, ホスホリパーゼA2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他

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解析

NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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